商標侵權商品的銷毀主要有兩種情況:
1.無法通過上述方式處理的侵權商品，應當予以銷毀。這樣既可以避免整個案件因為侵權貨物的處理沒有最終完成而無法及時結案立案，也可以避免侵權貨物長期占用涉案財產倉庫。
2.對經法定檢驗機構檢驗或者對人體健康有明顯危害、存在重大安全隱患、威脅公眾安全、破壞環境資源的侵權商品，要堅決徹底銷毀，防止造成危害後果。銷毀侵權商品時，被侵權人應當提供必要的協助。
總之，無論采取何種方式處理侵權商品，辦案機關都應當制作國家工商行政管理總局統壹制定的商品處理筆錄，與商品處理的相關文件、照片壹並放入案件原始卷宗備查。同時也要註意處理物品的時機。原則上應在法定行政復議(行政訴訟)期限屆滿後辦理。根據《行政復議法》和《商標法》的規定，商標侵權案件的復議期為60日，訴訟期為15日。因此，在當事人收到行政處罰決定後60日內處理被沒收的侵權商品為宜。
二、商標侵權糾紛需要什麽證據？
1.提交證明妳享有商標權或商標使用許可權的證據:
商標註冊人:提交證明其商標權真實有效的文件，包括商標註冊證。
獨占使用許可合同的被許可人:獨占使用許可合同的被許可人和商標註冊人可以共同起訴，商標註冊人不起訴的，可以自行提起訴訟，但應當提交商標註冊人明知有侵權行為而明確放棄或者不起訴的證明；經商標註冊人明確授權，壹般使用許可合同的被許可人可以提起訴訟。
利害關系人:需要提交註冊商標使用許可合同、在商標局備案的材料和商標註冊證復印件。未備案的，應當提交商標註冊人的證明或者其他證明其權利的證據。
商標財產權繼承人:需提供正在被繼承或已經被繼承的證明文件。
2.原告應提交相應的賠償證據，證明其提出的賠償數額是有事實依據的；
原告應當提交能夠證明其主張的賠償金額的證據，如被侵權人在侵權期間遭受損失的證據或者侵權人在侵權期間獲得利益的證據，包括被侵權人為制止侵權行為所支付的合理費用的證據。侵權人因侵權獲得利益的，或者被侵權人因侵權遭受損失的，人民法院應當根據侵權情節，判決五十萬元以下的賠償。
3.原告提交被告已經實施或將實施商標侵權的證據:原告應提交被控侵權產品及其銷售發票等證據。