1.模式不同:旗艦店主要由代理商建立，壹般由產品的區域代理商建立，如很多服裝品牌的旗艦店，而官方網店則是自營或由擁有註冊商標的企業和個人授權。壹般直接以註冊商標的品牌命名。
2.尺度不同:旗艦店要授權。相對於專賣店，門店的規模比較大，比較全面，這是公司的形象。
3.銷售方式不同:官方網店只能在網上商城開，旗艦店可以線上線下開。
擴展數據:
旗艦店可以細分為三種不同的類型:
1.由品牌官方運營、供貨、直接管理的旗艦店，如阿迪達斯官方旗艦店。
2.另壹種不是官方自營，比如亞瑟旗艦店。其實品牌是指定給其他公司經營的。現在天貓很多店都是這樣操作的，也比較普遍。可以看到是XX品牌的旗艦店，但是沒有官方的字。
3.還有壹種旗艦店叫海外旗艦店，比如斯凱奇。海外註冊的公司需要有自己的註冊信息，名字不能隨便叫，需要有授權認證。我們看不到營業執照，入駐天貓也需要提供營業執照、委托書，以及相應批次的購買憑證。
總結:大部分旗艦店賣的都是正品，但不排除買到假貨的可能。我們在網上百貨商場買到假冒偽劣產品在所難免，更何況是魚龍混雜的網店。
參考資料:
百度百科-淘寶旗艦店
參考資料:
百度Encyclopedia-Taobao.com