在科技創新機制建設方面，我院在全省畜牧系統率先完成事業單位全員聘用制，在全省科研單位中率先實行技術職稱和技術職務評聘分離，實行崗位津貼(含崗位責任津貼、崗位特殊津貼、 突出貢獻津貼和經濟責任目標管理獎)為核心，進壹步完善科研經濟責任制和科技企業股權結構改革。 在畜牧高科技園區建設中，創新性地實行了專家主導制和股份合作制，建立了符合科研單位特點的人事管理制度和激勵機制，充分調動了科技人員進行科技創新的積極性。
我院制定了創新型人才隊伍建設規劃，著力打造頂級專家隊伍，將優秀科技人才培養為院士、新世紀百千萬人才工程國家級人選、省級學術技術帶頭人、政府特殊津貼專家、省內優秀專家、研究生導師、科技企業家。通過十五計劃的努力，我院現有高中級科技人員116人，其中研究員23人，副研究員43人，“新世紀國家人才工程”1人，國家級、省級優秀專家3人，享受政府特殊津貼專家16人，省級學術技術帶頭人7人。
我院承擔的科研項目有國家重點項目、星火項目、農業部跨越式項目、省重點項目、應用基礎項目、成果轉化基金項目、青年科技基金項目、國際合作項目等。與相關高等院校聯合開展科技研究，聯合培養研究生和重點學科。與糧農組織、國際家畜研究所、國際馬鈴薯中心和越南國家畜牧業研究所的國際合作研究不斷延伸和擴大。通過認真深入的研究和廣泛的交流合作，先後培育出四川白豬ⅰ號、七星肉兔、南江黃羊、涼山半細毛羊等6個畜禽新品系。優質肉雞育種工程培育的大恒D99、大恒S01、大恒S02、大恒S03、大恒S05五個新品系通過四川省畜禽品種審定委員會審定命名，肉兔配套系培育和品質得到提升。* * *取得科技成果204項，其中省二等獎、國家成果獎58項，專利6項，發表科技論文421篇，其中9篇發表在SCI期刊上，在GenBank註冊兔MHC基因序列18，出版專著95部。112開展畜牧業項目可行性研究。
四川畜牧高科技園區的研發填補了我省優質肉雞、優質兔、安全飼料等高科技產品研發產業的空白，建成了優質畜禽養殖和優良畜禽品種快速繁殖的高科技產業化輻射源和示範基地。全部建成後，通過科研開發和示範輻射，可帶動3萬多名農村勞動力轉移轉化，農民年收入將達到25.39億元，純收入將達到7.6億元。