1、本身缺乏顯著性或屬於商標法律禁註禁用的詞語不能通過查詢來判斷其申請註冊是否能被核準。
2、如有在先申請的相同或近似商標在查詢時還未進入商標局數據庫，因兩者時間相近會使查詢結果無法反映。
3、如查詢報告提供了幾個可能構成近似的商標，代理人只是通過壹般審查標準和經驗來做出分析，其意見僅供參考，並不能代表商標局的審查意見。
4、對於組合商標，如僅查詢了商標的壹部分（如中文或英文），而實際申請商標中的其它部分（如圖形）與他人的註冊商標相同或近似也會導致商標整體被駁回。
5、委托人在查詢時僅提供了商標的名稱，但實際申請時所提供的商標設計稿中由於字體、色彩、結構或排列的差異，也會導致查詢結果不能完全反映相同或近似的程度。辦理商標查詢時，由於商標標誌的設計特點，很多結果不能完全反映相同或近似的程度，需要申請人進行大量的分析甚至是市場調查。