商標權人甲先與乙簽訂獨占使用許可合同，後甲將商標轉讓給不知情的丙，乙繼而又與不知情的丁簽訂獨占使用許可合同。此時，應當如何確定獨占使用許可權的歸屬?乙能否起訴要求丁停止侵權並賠償經濟損失?根據《最高人民法院關於審理商標民事糾紛案件適用法律若幹問題的解釋》第十九條第二款的規定，商標使用許可合同未在商標局備案的，不得對抗善意第三人。2013年8月30日通過的商標法第四十三條第三款亦作了基本相同的規定。但“未經備案不得對抗善意第三人”在上述案例中應當如何理解和適用，司法實踐中仍存在較大爭議。
首先，在兩個使用許可人均未進行備案的情況下，如果在先的獨占使用許可權人對在後的善意第三人提起侵權之訴，其停止侵權並賠償損失的訴請能否得到支持?有觀點認為，如果就同壹商標的使用權主張權利而引起沖突，在先獲取的使用權應優於在後獲取的使用權。因為在先權利的產生無任何瑕疵(雙方在締結許可合同時均無過錯)。而在後權利的產生，則基於商標權人的過錯(即其違反對在先獨占被許可方的承諾，並對在後獨占被許可方隱瞞了在先合同事實)，本身即存在瑕疵。壹個無瑕疵的民事權利與壹個有瑕疵的民事權利發生沖突，自然前者應優於後者。至於在後被許可人的責任承擔，有的認為在後被許可人僅承擔停止侵權的民事責任，有的認為可以判令其承擔賠償損失的民事責任。另有觀點認為，在此情況下，第壹和第二被許可人商標使用許可合同均受法律保護，並且由於債權平等，並無位序關系，不因先後而異其效力。前後被許可人均不得主張對方無權使用該商標，前後被許可人可隨時向商標權人請求履行債務。
其次，在後的使用許可進行備案的情況下，其可否對抗在先的使用人，進而要求在先使用許可人停止侵權、賠償損失?使用許可備案的對抗效力是否僅限於後續的使用許可，還是應該具有溯及力?有人認為，法律明文規定商標使用許可是非要式合同，並不以備案為生效要件。因此只要合同有效，在先被許可人就已經取得了商標的使用權，他人包括商標註冊人都無權阻止其使用。如果因為要保護善意第三人的利益而忽視了在先被許可人的利益，則屬於曲解了“商標使用許可未經備案不得對抗善意第三人”的本意。有人則認為，公示對抗力的意義在於“未經公示，不能對抗;已經公示，可以對抗”。因此，備案的使用許可優於未備案的使用許可。法院應支持在後備案被許可人的主張，在先被許可人未經同意不得使用系爭商標。
二、商標使用許可備案的法律性質及其效力
1.備案是商標權權利變動的公示方式
商標使用許可合同簽訂後，許可人應當將商標使用許可向商標局備案。備案在很多法律法規中都有規定，如房屋出租的，出租人應當向有關部門進行備案。壹般認為，備案更多的是壹種行政管理的方式和手段。但商標使用許可備案的目的不僅在於方便商標局對全國商標使用許可情況的管理，更在於對商標權的權利變動狀態向社會進行公示，備案與否將會對被許可人的權益產生重大影響。
商標專用權是壹種私權，也是壹種絕對權。作為私權，其可以被轉讓和使用許可;作為絕對權，商標專用權和物權壹樣，無論是權利的取得、變動、行使與實現都涉及他人和社會利益，攸關交易的安全與秩序。物權有公示要求，商標專用權同樣存在公示的要求。從靜態的安全而言，要對不特定的第三人施加不得侵害他人商標權的不作為義務，首先應當讓這些第三人知道商標權的存在，以明晰商標權的界限和範圍，從而規範自己的行為，不至於隨時處於可能觸碰他人權利紅線的不安之中;從動態的交易安全而言，商標法應當讓不特定的交易人知悉商標權權利變動的情況，從而使交易人形成對商標權權利狀態是否完滿的合理信賴，進而保護交易人正當的交易預期，不至於隨時處於可能被他人追索權利的焦躁之中。為此，商標法確立了商標權權利歸屬的公示和權利變動的公示制度。前者即商標權實行註冊取得，商標權的取得必須進行登記公告。商標權權利變動主要包括商標權轉讓和使用許可。轉讓註冊商標的，需向商標局核準，並進行公告。許可他人使用註冊商標的，則應當將使用許可的情況向商標局備案。無論是公告，還是備案，都是商標權權利變動的公示方式。
2.商標使用許可實行備案對抗主義
在物權法中，物權公示與物權變動之間存在著廣泛而深刻的聯系：壹方面物權公示主要出自於物權變動的要求;另壹方面，物權公示又反過來影響物權變動。而正是物權公示與物權變動的關系特別是在物權公示怎樣影響物權變動這壹問題上，立法上存在截然不同的選擇，即存在公示對抗主義與公示要件主義的二元對立。前者又稱意思主義、合意原則，是指法定的公示方法僅僅是物權變動的對抗要件，而非物權變動的發生要件。當事人壹旦形成物權變動的意思表示，即發生物權變動的效果，只不過在具備公示手段前，物權變動的事實不能對抗第三人。後者又稱形式主義，是指未經公示，當事人之間根本不發生物權變動，當然更談不上對抗第三人的效力。
商標使用許可備案的規定采取的明顯是備案對抗主義，即無備案，不得對抗;有備案，可以對抗。首先，從許可使用權的獲得看，商標使用許可壹經簽訂，被許可人通過合同當事人的意思表示即獲得了商標使用許可權，不需要履行備案等公示手續。例如，對於擅自使用商標的侵權人，即使商標使用許可未進行備案，獨占被許可人仍然可以自己的名義對侵權人提起訴訟。其次，從許可使用權的效力狀態看，未經備案的許可使用權處於壹種效力不圓滿狀態，即如果商標權人進行了重復授權，即出現了善意第三人，未備案的在先被許可人不可以要求在後的善意第三人停止使用相關商標。再次，如果在後的善意第三人對商標使用許可進行了備案，其獲得的使用許可權便產生了對抗效力，可以對抗包括在先未備案的被許可人在內的第三人。如果在後的善意第三人要求在先被許可人停止使用相關商標，在先被許可人可以向商標權人主張相應的違約損害賠償責任，以獲得不能繼續使用商標的救濟。
備案對抗主義保護交易安全的同時，亦很好地實現了不同被許可人間的利益平衡。雖然在先被許可人簽訂合同在先，但其沒有按照法律的要求積極進行備案，導致在後的善意第三人對商標權仍處於完滿狀態產生了積極的信賴，相信商標權上不存在任何的權利變動，進而與商標權人簽訂使用許可合同。此時，法律保護在後善意第三人對交易的合理預期，讓具有壹定過失的在先被許可人承擔未備案的不利後果，符合公平正義的理念，實現了靜態權利歸屬與動態交易安全的有效平衡。
三、商標重復使用許可糾紛的司法裁判思路
1.被許可人均未進行備案時的處理
如果兩個被許可人均未對商標使用許可進行備案，按照“未經備案不得對抗善意第三人”的規定，壹方面，由於在後的被許可人系善意，在先被許可人獲得的使用許可權對其並不具有對抗效力，即不能對抗在後被許可人繼續使用相關商標。此時，不應因為在後被許可人未進行備案，而認定其不具有善意。另壹方面，在先被許可人當然也屬於善意第三人的範疇，在後被許可人同樣也不能要求在先被許可人停止使用相關商標。因此，兩被許可人互為善意第三人，都不能對抗對方。那麽，誰應最終獲得獨占使用許可權呢?筆者認為，與物權不同，知識產權具有非物質性和權利行使非排他性的特點。這決定了此類糾紛的處理可以與“壹房二賣”有所不同，並非壹定要確定獨占使用許可權由其中壹人行使，而是可以考慮讓不同的被許可人***享商標的使用權，即二者***存。首先，這種裁判方式保護了善意第三人的信賴利益，維護了商標許可交易的交易安全。在先被許可人不能要求在後被許可人停止侵權並賠償損失。其次，這種裁判方式兼顧了在先被許可人的利益，雖然在先被許可人事實上變為非獨占的，但其畢竟可以繼續使用商標。再次，這種裁判方式最大限度懲罰了商標權人的不誠信行為。與選擇讓壹個被許可人獲得獨占使用許可權不同，***存的裁判方式將讓商標權人同時對兩個被許可人承擔違約損害賠償責任，商標權人因此受到的損失是最重的。因此，當被許可人均未進行備案時，被許可人均有權使用相關商標，在先被許可人無權要求在後的善意第三人停止使用或停止侵權，否則將有違“未經備案不得對抗善意第三人”的本義和制度價值。
2.善意第三人已經進行備案時的處理
如果在後的善意第三人簽訂使用許可合同後，商標權人進行了商標使用許可的備案，根據“已經備案可以對抗”的原則，善意第三人獲得的使用許可權具有了對抗其他人的效力，是效力完滿的權利，其可以要求在先的被許可人停止使用相關商標。此時，在先被許可人並不構成侵權，無需承擔停止侵權甚至賠償損失的民事責任，僅需負擔停止繼續使用相關商標的義務。需要註意的是，在認定第三人是否善意時間點的把握上，在先被許可人不得對抗的善意第三人與在後善意第三人經過備案進而對抗在先被許可人的時間點有所不同。就前者而言，只要在後的被許可人與商標權人在簽訂商標使用許可合同時是善意的，就可以滿足善意第三人的要件;就後者而言，在後被許可人要獲得對抗在先被許可人的效力必須滿足，在向商標局進行備案時是善意的。否則，在後被許可人在簽訂合同後，如果已經知道存在在先許可的事實，而搶先進行了備案，或者在發生爭議後，在後被許可人搶先進行備案，此時其獲得的備案不能對抗在先被許可人，不能要求在先被許可人停止使用。