〔1〕從行政序列來說：國家知識產權局（SIPO）屬於國務院直屬機構，系副部級單位；北京市知識產權局系正廳級單位。和工商局（下轄商標局/處）實行垂直管理不同，地方知識產權局由地方政府設置，行政級別並未完全統壹，部分地方實行正廳級高配，如：北京、上海、浙江等；部分地方實行副廳級標配，如安徽、河南、山西等。
〔2〕從業務指導來說：在業務實踐中，國家局對地方局具有業務指導關系。
〔3〕從案件關系來說：無效案件在前，侵權案件在後；國家知識產權局（專利復審委員會）維持涉案專利權有效後，北京市知識產權局認定蘋果公司侵犯涉案專利權；在程序上，二者並無沖突；在實體上，可能存在的分歧另當別論