然而近些年來，由於對商標異議制度的立法規定不夠完善，導致惡意商標異議現象嚴重，商標異議成為商標不正當競爭的法律手段。
據了解，在2001年修改《商標法》之前，商標異議案件由國家工商總局商標評審委員會復審後作出終局裁定。根據《與貿易有關的知識產權協議》(TRIPs協議)的要求，2001年修改後的現行《商標法》在保留異議復審程序的基礎上，增加了司法救濟程序。也就是說，目前進行商標異議，首先由商標局審查作出裁定，對商標局的裁定不服可以向商評委申請復審;對異議復審決定不服可以提起訴訟，訴訟還可以經過壹審和二審。
同濟大學知識產權學院副教授張偉君介紹說，由於行政二審、司法二審的四級審理終審制的程序過於復雜，加上可以提出商標異議的主體和理由過於寬泛，導致商標異議案件審理周期過長，嚴重影響了商標申請人及時獲得商標註冊。有的商業競爭對手利用這個制度缺陷，為拖延申請人註冊商標的時間，或者為盡可能長時間地使用與他人相同或近似的商標並避免承擔可能產生的侵權責任而提出異議，延長核準時間。甚至有壹些人惡意提起商標異議，並以撤銷異議程序為條件向被異議人索取高額費用。
相關數據顯示，目前我國企業的平均壽命僅為3年左右，而商標異議期(包括異議復審和行政訴訟)最長可能高達7年。壹些企業合法持有的商標長期處於待確權的不穩定狀態，給權利人及相關利害關系人造成了極大的困擾。簡化商標確權程序、完善商標異議制度，成為《商標法》修改的壹個重要任務。
為此，新《商標法》重新設置了商標異議處理程序，以進壹步提高商標註冊的效率，更好地及時維護當事人的合法權益。
新《商標法》第三十五條規定，對初步審定公告的商標提出異議的，商標局應當聽取異議人和被異議人陳述事實和理由。商標局做出準予註冊決定的，發給商標註冊證，並予公告。異議人不服的，可以依照本法第四十四條、第四十五條的規定向商標評審委員會請求宣告該註冊商標無效。商標局做出不予註冊決定，被異議人不服的，可以自收到通知之日起十五日內向商標評審委員會申請復審。被異議人對商標評審委員會的決定不服的，可以自收到通知之日起三十日內向人民法院起訴。
這樣，在商標局駁回商標異議、準予商標註冊的情形下，可省去對商標局異議裁定的復審、訴訟程序，盡快確立商標權，同時又通過商標無效宣告程序保障異議人獲得進壹步救濟的權利。?張偉君說，這個做法和TRIPs協議的規定是壹致的。根據TRIPs協議第62條之5的規定，在當事人之間的異議、撤銷等程序中作出的行政決定均應接受司法或準司法當局的審查，但是在異議不成立或行政撤銷不成立的場合，應無義務對該決定提供司法審查，只要該程序的依據能夠在無效訴訟中得到處理。?也就是說，在異議不成立的情況下，不必提供機會審查該行政決定，只要提起此類程序的依據可成為無效程序的理由。?張偉君說。
不過，在集佳知識產權代理有限公司商標專家周新艷看來，新的商標異議制度是壹把雙刃劍，稍有偏頗，將砍向真正權利人壹方。因為新《商標法》第四十七條第二款規定：?宣告註冊商標無效的決定或者裁定，對宣告無效前人民法院做出並已執行的商標侵權案件的判決、裁定、調解書和工商行政管理部門做出並已執行的商標侵權案件的處理決定以及已經履行的商標轉讓或者使用許可合同不具有追溯力。?這樣，在商標無效宣告程序期間，即便被異議後核準註冊的商標實際上是違反新《商標法》規定的，惡意商標註冊人仍然可以通過主張商標專用權來獲取不正當利益，從而損害異議人的合法權益。