負責文電、檔案、信息、統計、保密、信訪等工作。；承擔政務公開和政府資產管理工作。
政治辦公室
承擔機構設置、人員管理、團隊建設和教育培訓工作；承辦市縣(市、區)工商行政管理局領導班子雙重管理的有關事項；指導基層隊伍建設的相關工作。
金融設備科
負責機關、直屬機構、派出機構和事業單位的資金、財務、設備、基本建設和國有資產管理；編制財務預算和決算；監督檢查財務和基建管理制度的執行情況。
政策和法規科
組織工商行政執法監督聽證；承擔行政復議、應訴和賠償工作；承擔行政執法監督、案件審查和法律法規宣傳工作。
消費者權益保護科(12315消費者投訴舉報中心)
負責保護消費者權益；承擔流通領域商品質量的監督管理；在相關服務領域開展消費維權工作；查處假冒等違法行為；承擔消費者咨詢、投訴、舉報受理和處理、網絡系統建設。
合同監督和管理科
負責合同監督管理，查處合同欺詐等違法行為；承擔動產抵押登記和拍賣的相關監督管理工作。
企業監督管理科
指導和監督內資企業的登記、監督和管理；承擔企業信用信息管理和年度報告公示內容的抽查工作；組織查處違反相關登記管理規定的案件。
個體私營經濟監督管理科
指導和監督個體工商戶、私營企業和農民專業合作社的登記、監督和管理；承擔個體工商戶的信用信息管理；組織查處，取締無照經營；指導個體私營企業協會的工作。
廣告監督管理科
組織實施廣告發展規劃和政策措施；監督和管理廣告活動；監控各種媒體的廣告發布；查處虛假廣告等違法行為；指導廣告行業組織的工作。
商標監督管理科
組織查處商標侵權行為，保護商標專用權；開展安徽省著名商標的審查、申報和保護工作；負責阜陽市知名商標的認定和保護工作；依法保護馳名商標、地理標誌商標、特殊標誌和官方標誌。
黨委
負責機關及直屬(派出)單位的黨群工作。
檢查辦公室
負責本局黨的紀律檢查和行政監督工作。
退休管理處
負責機關退休人員的服務管理。