第壹個要把幾個法律關系搞清楚。
1.妳（甲）和轉讓方（乙）
2.乙和房東（丙）
再壹個妳要清楚無論是個體工商戶也好，還是企業法人也好，他的轉讓都需要有壹個變更營業執照的手續。而這個變更手續工商部門都有壹個完整的程序。如果妳們沒有進行這個程序的話，那麽其實這個店仍然還是原店主乙的。具妳所述妳們可能沒有進行變更登記。
其次，妳要保留妳在經營這段時間為此店經營所產生壹切合理費用的證據，來向乙追償。經營期間產生的利潤妳同樣也要返還給乙。乙也要返還妳所交的所謂的轉讓費（其實妳們的轉讓只是意識上的，並非法律上的轉讓）。原因就是乙現在已經反悔不願意出售此店，而事實上這個店在法律上也並未進行轉讓，所以妳們的轉讓合同成立但是未生效。（不知道妳們的轉讓合同內容是什麽，我只是通過妳的描述來判斷。妳等會可以自己補充。）
最後說壹下和房東的問題。其實房東是把房屋租給的乙，妳只不過實際上為乙經營了壹段時間店鋪，也並未真正的承租房屋。所以這個房屋的租賃合同仍然是乙和丙之間的。
妳的問題其實有點復雜，但是雙方協商應該能解決。