為了破除打擊假冒註冊商標活動中的地方保護，補充規定還規定對不履行職責，包庇假冒註冊商標犯罪分子的要追究相應的刑事責任，即比照刑法第三百九十九條、第四百零二條的規定追究刑事責任。
值得指出的是，為了保護註冊人的利益，《商標法》第四十條規定，構成假冒註冊商標罪的，不僅要依法追究刑事責任，還可以要求其賠償被侵權人的損失。鑒於修改後的《刑事訴訟法》允許被侵權人直接向人民法院起訴假冒商標犯罪，因此被侵權人直接向人民法院或人民檢察院起訴或請求處理商標犯罪行為時，可附帶提起損害賠償的民事訴訟，要求犯罪人賠償其經濟損失。