1、商標與商號的現有管理體制中存在缺陷
這種沖突是我國商標註冊與企業名稱登記管理體制實行條塊分割的結果：即條分割指商號與商標的分別保護，即商號保護與商標保護沒有統壹於知識產權法體系下；塊分割指商號與商標登記按級別區域進行，其相關日常管理和保護由不同的部門管轄。根據有關法律規定，商標註冊由國家商標局統壹註冊；商號歸入企業名稱的登記管理範圍，企業名稱登記分別由國家與地方各級工商行政管理局分別登記。因而出現商標權效力範圍是全國，商號權效力範圍則有全國範圍和地方範圍之分。然而，市場經濟條件下全國性企業與地方性企業之間的市場競爭並沒有地域範圍的界限，這壹些體制上的硬傷和缺陷，客觀上為那些惡意註冊或登記者打開了方便之門。於是，壹些企業抓住這種“條塊分割”的缺陷，為謀取不正當利益，惡意利用知名企業的商標或字號，損害了其他企業的市場利益，誤導消費者，從而引發了商號權與商標權之間的沖突。
2、現行法律規範中存在法律漏洞
1993年的《商標法實施細則》規定，對侵犯他人合法的在先權利的註冊商標可以撤銷，但該《實施細則》中對“在先權利”沒有列舉也沒有對其內容進行明確的界定。實踐中，國家商標局商標評審委員會也多以外觀設計專利權或著作權作為在先權利予以考慮，而並不將商號權劃人在先權利的範圍內。2001年第二次修改的《商標法》雖然在總則中增加了第九條，但該法仍然回避了在先權利範圍界定這壹問題。 而且，依照1993年修改的商標法，連續使用至1997年1月1日的服務商標或商號，即使與他人註冊的服務商標相同或近似仍可繼續使用。在這種相對不確定的法律環境下，將他人在先登記的知名商號註冊為商標使用，不僅在實體上是合法的，在程序上也是輕而易舉的。商號登記對於“在先權利”的排除力就更加微弱。1991年《企業名稱登記管理辦法》只在第九條中規定“企業名稱不得含有可能對公眾造成欺騙或誤解的內容和文字”。實際上，能夠獲得註冊的商標壹般都在最大程度上被排除了“欺騙或引人誤解”的因素，故將他人在先註冊的商標登記為企業名稱在時下這種非常寬松的登記制度下是很容易實現的。由此可見，我國現行法律規範中的法律漏洞為商標與商號的權利沖突提供了便利的條件。
在司法實踐中，由於我國現有的商標法及其實施條例以及企業名稱登記管理規定與其實施辦法均沒有對商號權與商標權的法律沖突有較為明確的規定，所以客觀上也多少存在著壹些“無法可依”的尷尬局面。為了試圖解決商號與商標的法律沖突的問題，國家工商行政管理局曾於1999年4月5日頒布了《關於解決商標與企業名稱中若幹問題的意見》，其中，第四條規定：商標中的文字和企業名稱中的字號相同或者近似，使他人對市場主體及其商品或者服務的來源產生混淆（包括混淆的可能性），從而構成不正當競爭的，應當依法予以制止。第五條又對於“混淆”作了範圍界定。應該說，意見的出臺對於解決商號與商標的法律沖突，提供了壹定的法律依據。但是該意見條文較為原則，如究竟何種情況下認定為惡意註冊或者惡意登記等，意見並沒有進壹步論及，所以不太具有可操作性。而且該意見從立法層次上也明顯偏低，在司法實踐中，尤其是進入到審判過程中，不能被直接予以適用。沒有體系化的法律依據使侵犯者常存有僥幸心理，從某種意義上助長了兩權糾紛在現實中的激烈化程度。
3、經濟利益驅動下的考量
商標與商號同為識別性的標示，它們均是企業商業信譽的載體，不僅能折射出企業的經營信用、管理水平和技術能力，也代表著商品質量和服務水平，能夠引導社會公眾進行消費選擇，蘊藏著巨大的財產利益。正因如此，在激烈的優勝劣汰的市場經濟大環境中，商事主體更加意識到這兩種標示對占領市場、擴大影響、獲得更大利潤具有多麽重要的作用。壹部分企業總是千方百計地不斷提升商標與商號的市場知名度，力求提供高質量的商品和服務，以贏得消費者的信賴同時也贏得市場。但其他的經營者卻被如此高的商業信譽和市場高回報額所深深吸引，往往利用他人的商標或商號做成自己的商標或商號，以攫取著名商標、知名商號所帶來的巨額商業利益。可見如此權利沖突的原因是利益驅動所造成的。