1、認證申請。該環節是申請人向中國綠色食品發展中心及其所在省（自治區、直轄市）綠色食品辦公室、綠色食品發展中心領取相關申請資料，並編寫對應材料。如《綠色食品標誌使用申請書》、《企業及生產情況調查表》等。
2、提交受理。該環節是由申請人將上述的相關材料遞交至上述的受理機關，由受理部門進行登記、編號。如材料不符合要求的要求申請人收到《文審意見通知單》後10個工作日提交補充材料。材料合格的，則進入下壹個環節。
3、現場檢查。該環節主要為產品抽樣檢查，由受理部門組織2名或2名以上檢查員進行現場檢查。檢查重點主要包含了現場檢查和環境質量現狀調查。同時將需要抽樣的產品送至綠色食品定點產品監測機構。
4、認證審核。該環節是由綠色食品評審委員會自收到認證材料、認證處審核意見後10個工作日內進行全面評審，並做出認證終審結論。如認證合格的，後續予以頒證。如認證不合格的，評審委員會秘書處在作出終審結論。抄送省綠辦，本生產周期不再受理其申請。
5、取得證書。認證合格的，由認證中心在5個工作日內將辦證的有關文件寄送“認證合格”申請人，並抄送省綠辦。申請人在60個工作日內與中心簽定《綠色食品標誌商標使用許可合同》並獲得相關證書。
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