賽昂人突然通過人類議員波爾塔伯爵的外交渠道要求和平協議。人類領導人和艦隊指揮官對賽昂人的和平協議感到自滿和放松。所有的人類戰艦，包括十二艘名為太空堡壘的母艦，都被邀請參加停戰談判，以完成和平協議的最後壹步。這其實是壹個騙局——巴特為了追求個人權利和榮耀背叛了人類，賽昂人並沒有真正為和平做打算。
卡拉狄加的指揮官阿達瑪懷疑賽昂人的動機。他命令他最好的兩名飛行員，阿達瑪的長子阿波羅，和另壹名執行定期巡邏任務。阿達瑪的另壹個兒子紮克說服第二名飛行員放了他。這次巡邏發現了很多隱藏的賽昂戰鬥機中隊，他們也被發現了。賽昂人在巡邏隊返回星系的路上幹擾了他們的通訊。艾薩克的戰機被擊中減速，這讓阿波羅不得不盡早離開他去警告艦隊。在阿波羅回來幫助艾薩克之前，賽昂人殺了他。
盡管總統下令保持克制，阿達瑪仍能在賽昂戰鬥機大隊發動攻擊前讓銀河系進入戰備狀態，但其他戰爭明星卻做不到。結果，大部分艦隊遭到突襲，全軍覆沒。戰爭期間，阿波羅告訴阿達瑪，他發現賽昂戰鬥機上裝上了燃料箱。阿達瑪明白他們的目的是擴大基地之星戰鬥機的攻擊範圍。他命令銀河系撤退，以便及時保衛它的家園卡布裏卡。但是已經太晚了。當他回到家時，他發現只有被賽昂基地艦蹂躪的廢墟。阿達瑪隨後得知所有十二個殖民地都有相同的命運。摧毀人類殖民地後，這些基地艦繼續前往“停戰會談”摧毀殘存的戰爭星球。
殖民文明面臨毀滅，賽昂人繼續滅絕人類。阿達瑪召集所有可以發射的飛船逃離賽昂人。唯壹的希望就是銀河系能盡可能長久地保護這支艦隊，讓他們能找到傳說中的第13個人類殖民地——地球。也許地球有足夠的技術來打敗賽昂人。根據傳說和神話，這個殖民地只有科波最後的貴族才知道。寇伯這個星球，早在1000年前人類大規模探索外太空的時候就被遺棄了。
阿達瑪尋找地球的行動得到了銀河系大副泰上校以及阿波羅(阿達瑪僅存的兒子)、星芭兒和布瑪兒領導的毒蛇飛行員中隊的協助。賽昂領導人輕蔑地窩藏了壹個短命有用的叛徒巴特，並決定處決他。電影中，巴特被斬首。然而，在電視劇中，死刑在斬首前被暫停，以便他可以幫助賽昂人獵殺剩下的人類。
由銀河系和逃亡飛船組成的流放艦隊在假日行星卡裏隆周圍得到了短暫的喘息。然而，凱龍星球上的土著奧維昂人的目的，其實是為了牽制住人們，以便賽昂人可以集結兵力摧毀人類艦隊。歐比萬利用這種情況綁架難民艦隊的船員和乘客，以獲取食物。阿波羅和斯波克在調查他們搭檔的失蹤時發現了這個陰謀。在救出被囚禁的夥伴後，阿波羅和斯波克在與賽昂人交火時點燃了埋藏在星球下的鈦靈礦藏。
與此同時，新議會認為賽昂人已經被遠遠甩在後面，因此堅持認為應該借機舉行慶祝活動。議會安排了聚會和頒獎宴會，要求所有戰鬥機飛行員都要參加，壹名坦率的議員甚至要求不要攜帶武器，完全無視賽昂人的威脅。賽昂人以為所有的戰鬥機飛行員都參加了凱洛格上的頒獎宴會，所以他們對軌道星系發動了戰鬥機攻擊。然而，阿達瑪和泰早就懷疑這是壹個陷阱，所以他們安排地勤人員偽裝成大多數戰鬥機飛行員。真正的飛行員已經待命，成功擊退了賽昂戰機。
阿波羅再壹次知道，沒有補給船，賽昂戰鬥機無法航行。阿波羅和斯波克去獵殺這些其他的飛船，然後他們在凱樂龍的背面發現了壹艘賽昂人的基地飛船。在違抗阿達瑪指揮官的返航命令後，阿波羅和斯波克決定嘗試摧毀它，以便難民艦隊能夠逃脫追擊。他們用無線電通訊來欺騙賽昂人，讓他們以為大量的蝮蛇機中隊要來進攻了。賽昂基艦下降到凱洛格大氣層以避免被發現，但在爆炸凱洛格時被火網摧毀。
盡管取得了勝利，但人類意識到賽昂人會繼續追擊他們，於是他們展開了“尋找壹顆有著地球名字的閃亮星球的孤獨探索之旅”。