1、屬性不同：旗艦店：旗艦店通常是品牌擁有人或公司自己開設的商城店，代表的是品牌或公司的官方店鋪。專賣店：專賣店是由品牌擁有人或公司授權開設的店鋪，相當於壹級經銷商或分銷商，主要銷售單壹品牌的產品。
2、要求不同：旗艦店：開設旗艦店需要提交商標，可以是做自己的品牌或有他人品牌的獨占性授權。如果旗艦店同時經營多個品牌，這些品牌的持有人必須是同壹個人。專賣店：專賣店可以賣自己的品牌或使用品牌方的授權開設其他品牌的店。如果專賣店要同時經營多個品牌，這些品牌必須歸屬於同壹個實際的控制人。
3、類型不同：旗艦店：旗艦店是官方的，具有權威性，能夠維護消費者的知情權益，並且是長期經營的穩定店鋪。專賣店：專賣店則是官方授權的，通常位於繁華商業區，以著名品牌或大眾品牌為主，專賣壹類產品或壹個品牌。
4、責任不同：旗艦店：旗艦店要對品牌或公司負責。專賣店：專賣店要對品牌負責。
5、銷售渠道不同：旗艦店：用來更好地展示企業品牌形象；還應該是銷售的旗艦店，要有好的銷售業績；更是管理的旗艦店，可以高效地管理商店。專賣店：專賣店通常只負責銷售特定品牌的產品，產品線明確。