1、模式不同：旗艦店主要是是代理商建店，由產品的地區代理建立，如眾多的服裝品牌旗艦店，而官方網店是這個品牌自己開的店，以擁有註冊商標的企業和個人，以其身份自營或授權的網店。以註冊商標的品牌直接命名。
2、規模不同：旗艦店是要授權的，和專賣店相比，店的規模比較大比較全，是公司的形象。
3、銷售方式不同：官方網店只能在網上商城開設，而旗艦店則是線上線下都可以開設。