六神花露水起訴小超市，法院判決的依據是《中華人民***和國商標法》（2019年修正）第六十四條第二款。該條規定為：銷售不知道是侵犯註冊商標專用權的商品，能證明該商品是自己合法取得的並說明提供者的，不承擔賠償責任。
在六神花露水起訴小超市壹案中，盡管小超市主張其銷售的涉案被控侵權“六神丸花露水”有合法來源，依法不應承擔賠償責任，但其向法院提交的支付寶、阿裏巴巴訂單打印件不足以證明涉案被控侵權產品來源於諸暨市某制品廠，因此法院沒有支持其主張。