法律分析:根據實施條例第四十九條規定，企業內部營業機構之間支付的特許權使用費不得在稅前扣除。由於企業所得稅法采用的是企業所得稅，企業的分支機構是企業總機構的壹部分，不是獨立的實體，不能作為獨立的企業所得稅納稅人。企業總機構的統壹代表應進行匯總納稅。在實際經營過程中，由於管理和生產經營的需要，企業可能會采取相對獨立的內部分支機構管理，分支機構在企業總公司內部擁有相對獨立的資產和經營範圍，這就可能使這些分支機構提供類似於獨立企業之間的所謂管理服務，比如支付商標使用費。但是，企業內部分支機構之間的此類經營活動屬於內部經營活動。繳納企業所得稅時，由於他們不是獨立的企業所得稅納稅人，需要由企業納稅，所以這些內部業務往來發生的費用不計入收入，作為費用扣除。也就是說，分公司和總公司之間的商標使用費不需要計入總公司的收入，分公司也不需要計入費用，所以不存在稅前扣除的問題。
法律依據:《中華人民共和國增值稅暫行條例》第壹條在中華人民共和國境內銷售貨物或者加工修理修配勞務(以下簡稱勞務)、服務、無形資產、不動產、進口貨物的單位和個人，為增值稅的納稅人，應當依照本條例繳納增值稅。