在胚胎形成期間，胃腸上皮和皮膚來自相同的來源。因此，胃腸道是硬皮病最常見的內臟受累部位，無論是彌漫性還是局限性患者都會不同程度地出現胃腸道癥狀。由於皮膚和皮下組織的纖維化，患者張口困難，口腔黏膜幹燥，容易發生牙周炎和牙齦萎縮，導致進食困難，牙齒脫落，營養不良。約60%的患者食管下段出現纖維化和肌肉萎縮，食管下端括約肌無力，張力下降，食管上段壁擴張失去活動能力。患者吞咽時常感到窒息，好像食物被胸骨後或上腹部心窩處的什麽東西堵住了，躺下時癥狀更嚴重。
嚴重者可因食管狹窄出現吞咽困難。胃很少受累，但十二指腸和空腸容易受累，腸道蠕動減少，所以可能沒有癥狀，也可能有輕度的腸管擴張和痙攣性腹痛，表現為胃部壹陣陣絞痛，按壓感覺比較舒服。假性腸梗阻還會引起嚴重的腸管擴張、腹痛和嘔吐。病理性腸管擴張不能蠕動，腸液積聚停滯，細菌大量繁殖，可引起吸收不良，患者出現腹瀉、營養不良、體重減輕等癥狀。當結腸和直腸受累時，患者常表現為硬皮病便秘硬皮病便秘硬皮病便秘硬皮病便秘硬皮病便秘硬皮病便秘硬皮病便秘硬皮病便秘硬皮病便秘硬皮病便秘硬皮病便秘硬皮病便秘。在患病後的很長壹段時間內，局限性疾病患者不會有心臟、腎臟等其他重要器官受累，或者癥狀較輕，發展緩慢。1 ~ 3年後皮膚和胃腸道癥狀出現的彌漫性患者，往往容易發生內臟受累。