壹、從旗艦店、專賣店與專營店三者的定義上來看，區別主要有：
旗艦店：是商家以企業自有品牌入駐淘寶商城，所開設的店鋪稱為該品牌的“官方旗艦店”。
專賣店：企業持正規品牌授權書，在淘寶商城開設該品牌的店鋪，稱為“品牌專賣店”。
專營店：企業在淘寶商城同壹級類目下經營多個(至少兩個)品牌，此類店鋪稱為“專營店”。
二、在經營主體上的區別是：
旗艦店：自有品牌企業(品牌須為申請開店的企業所有或企業法定代表人所有)。
專賣店：取得該品牌所有者或公司正式授權的企業法人。
專營店：在中國大陸註冊的企業法人。
三、在經營範圍上的區別：
旗艦店：同壹品牌、同壹個壹級類目下的所有產品。
專賣店：授權品牌下同壹級類目內的所有產品。
專營店則沒有明確規定。
四、品牌資質上的區別
旗艦店：國家商標總局頒發的商標註冊證或商標受理通知書，也就是說要要註冊商標。
專賣店：品牌所有者出具的國家商標總局頒發的商標註冊證，申請開店企業提供的品牌所有者出具的正規授權書，授權書需無地域限制，且授權有效期不得早於2015年12月31日。品牌所有者若為個人，則需同時提供身份證復印件並在授權書上簽字。
專營店：自有品牌和他人品牌。
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