1、經營主體上旗艦店是自有品牌企業，就是說旗艦店所經營的品牌必須為店鋪的企業所有或企業法定代表人所有。普通店的經營者必須是在中國大陸註冊的企業法人要求比旗艦店低。
2、經營範圍上旗艦店可以經營同壹品牌、同壹個壹級類目下的所有產品，或是經營多個自有品牌商品且各品牌歸於同壹實際控制人。普通店則可以經營兩個以上他人品牌商品，也可以即經營他人品牌商品又經營自有品牌商品，還可以經營兩個及以上自有品牌商品。
3、品牌資質上旗艦店的經營需要國家商標總局頒發的商標註冊證或商標受理通知書，通俗上來說就是要註冊商標。普通店沒有這個要求。