具體的歐盟商標註冊流程如下:
I .歐洲聯盟投標人的登記程序
歐盟商標註冊的申請人必須準備好申請表(包括申請人的名稱和地址、明確的商標圖案和指定使用的商品/服務)，然後將申請表提交給歐盟內部市場協調局，並繳納歐盟商標註冊費用——900歐元。該通知將在歐盟內部市場協調局審查申請內容無誤後發布。此時，商標申請已進入歐盟商標註冊形式審查階段。
二。歐盟商標註冊形式審查階段(15-20個月)
在這壹階段，歐盟內部市場協調局將對申請人的簽名、使用的語言(目前僅限於英語、法語、德語、意大利語和西班牙語)、申請人的資料是否完整、是否主張優先權進行審查。
在這壹階段，歐盟內部市場協調局還將把商品清單發送給歐盟各機構的翻譯中心進行翻譯。在這壹階段，如果歐盟內部市場協調局發現有需要申請人改正的地方，會發出異議函，通知申請人在兩個月內改正。壹旦逾期不改正，歐盟內部市場協調局將拒絕受理這起歐盟商標註冊案。
三。歐盟商標註冊公告階段(3個月)
壹旦歐盟商標註冊得到正式審查，歐盟內部市場協調局將在收到盧森堡翻譯中心制作的官方語言譯文並將基於歐盟商標數據庫的商標檢索報告發送給申請人後，在OHIM官方公報上公布商標申請。在歐盟商標註冊公告的三個月期間，任何認為該商標不能註冊的人都可以對歐盟商標提出異議。在第三方對歐盟商標提出異議的情況下，歐盟內部市場協調局將通知申請人。如果歐盟內部市場協調局認為歐盟商標異議成立，歐盟內部市場協調局將撤銷歐盟商標註冊案，並通知申請人。同時，歐盟內部市場協調局也將向第三方通報對這壹商標申請的決定。
此外，如果歐盟內部市場協調局在申請過程中搜索是否存在類似的歐盟商標，在發送商標搜索報告的同時，還會向之前案件中的部分商標所有人發送“監督函”。雖然歐盟會發“監控函”告知之前案件的商標所有人，但只是“供參考”。換句話說，不壹定被檢索，意味著兩個商標之間會有沖突。檢索報告的目的是使申請人在收到報告後撤回申請成為可能。“監督函”是告知前案所有人存在類似商標的情況，讓他們在公告後三個月內自行決定是否對歐盟商標提出異議，要求歐盟內部市場協調局撤銷這些與其商標近似的商標。
但是從2008年3月10開始，各成員國的檢索報告都變成了選擇性的。只有當申請人提出請求並支付了壹筆可觀的費用後，歐盟內部市場協調局才會將申請人在各成員國的商標檢索報告寄出。提供這種服務的成員國包括保加利亞、捷克共和國、丹麥、希臘、西班牙、立陶宛、匈牙利、奧地利、波蘭、羅馬尼亞、斯洛伐克和芬蘭。但在歐盟商標數據庫上的檢索報告和監控函的發送仍將繼續(此費用已包含在申請費內)。
四、成功註冊歐盟商標，發放歐盟商標註冊證階段。
最後，當商標在核準中註冊且無人提出異議(或異議不成立)時，歐盟內部市場協調局將頒發商標註冊證。如上所述，所有歐盟成員國都可以保證商標申請。相對於各國不同的審查制度，歐盟商標申請是保護知識產權的利器。