1、客體不同：專利保護技術內容，包括發明、使用新型、外觀設計。商標保護商標本身，比如圖形、文字、它們的組合或者立體商標。
2、期限不同：專利保護期有限，發明20年，新型和外觀設計10年，到期不能續展。商標保護10年，但是到期可以續展，因此只要每10年續展壹次就可以無限期擁有商標獨占使用權。
3、申請程序不同：專利要向國家知識產權局專利局申請，經過初步審查(新型和外觀)和實質審查(發明)，最終授予專利權。商標向國家工商總局商標局申請，經過初步審查，公告無異議後核準註冊。
4、保護內容不同：專利保護不得制造、使用、許諾銷售、銷售&進口同該專利相同或近似的產品。商標保護不得在同類商品上註冊相同的商標，如果受保護的是馳名商標，他人即使是不同類商品也不能標註馳名商標。
法律依據：
《中華人民***和國專利法》第四十二條 發明專利權的期限為二十年，實用新型專利權和外觀設計專利權的期限為十年，均自申請日起計算。
衍生問題：
如何申請專利及流程？
應該向專利局或地方專利代理窗口，報送相關的材料或者郵寄。國家專利局發出受理通知書，說明專利申請進入審批程序，支付申請費。專利局對申請進行審查，只要初審合格，就可以授予專利。經國家知識產權局審查批準，可以授予專利權。