兩個都是正品。
自營是指京東自己從合作商那拿貨，然後自建倉庫，自營儲存，如果銷售出去，就通過自己的自建的物流進行配送，自負盈虧。
官方旗艦店的話，就是商家入駐京東這個電商平臺，通過交壹定的費用，自己銷售，壹般通過第三方物流進行配送。有2種，壹種是品牌商家和京東簽約，自己賣，發貨都用其他快遞， 壹種是自己賣，發貨由京東倉庫發貨，壹般品牌官方旗艦店，問題還是不太大。
擴展資料：
官方旗艦店是壹款匯聚淘寶、天貓商城中品牌女裝、時尚潮流男裝、精品鞋包、美容化妝、珠寶飾品、戶外運動、數碼家電、居家生活、名品家紡、家裝家飾、圖書音像、母嬰用品、食品保健、情趣成人用品等12大類壹千多家品牌官方旗艦店鋪。
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參考資料：
百度百科—官方旗艦店