2013年3月，根據國務院機構改革和職能轉變方案，實行鐵路政企分離。撤消中華人民***和國鐵道部，組建國家鐵路局，承擔鐵道部擬定鐵路發展規劃和政策的行政職責，隸於交通運輸部。組建中國鐵路總公司（China Railway Corp.），承擔鐵道部的企業職責。
改革後，中國鐵路總公司統壹調度指揮鐵路運輸，實行全路集中統壹管理，確保鐵路運營秩序和安全，確保重要運輸任務完成，不斷提高管理水平，為人民群眾提供安全、便捷、優質服務。
中國鐵路總公司，承擔鐵道部的企業職責，負責鐵路運輸統壹調度指揮，經營鐵路客貨運輸業務，承擔專運、特運任務，負責鐵路建設，承擔鐵路安全生產主體責任等。 我國鐵路實現了跨越式發展，保障了國民經濟平穩運行和人民生產生活需要，但也存在政企不分、與其他交通運輸方式銜接不暢等問題。為推動鐵路建設和運營健康可持續發展，保障鐵路運營秩序和安全，充分發揮各種交通運輸方式的整體優勢和組合效率，有必要實行鐵路政企分開，加快推進綜合交通運輸體系建設。
考慮到鐵路仍處於建設發展重要時期，同時承擔很多公益性任務，方案提出，國家繼續支持鐵路建設發展，加快推進鐵路投融資體制改革和運價改革，建立健全規範的公益性線路和運輸補貼機制。同時，繼續深化鐵路企業改革，建立現代企業制度。 國務院關於改革鐵路投融資體制加快推進鐵路建設的意見
國發〔2013〕33號
各省、自治區、直轄市人民政府，國務院各部委、各直屬機構： 鐵路是國家重要的基礎設施和民生工程，是資源節約型、環境友好型運輸方式。改革鐵路投融資體制，加快推進鐵路建設，對於加快工業化和城鎮化進程、帶動相關產業發展、拉動投資合理增長、優化交通運輸結構、降低社會物流成本、方便人民群眾安全出行，都具有不可替代的重要作用。近些年來，我國鐵路發展取得了顯著成就，但與經濟社會發展需要、其他交通方式和國外先進水平相比，鐵路仍然是綜合交通運輸體系的薄弱環節，發展相對滯後。當前，鐵路管理體制進行了重大改革，實現了政企分開，為深化鐵路投融資體制改革，更好地發揮政府和市場的作用，促進鐵路持續發展創造了良好條件。 面對鐵路發展的新形勢新要求，綜合考慮鐵路建設項目儲備、前期工作和施工力量等條件，應加快“十二五”鐵路建設，爭取超額完成2013年投資計劃，切實做好明後兩年建設安排。優先建設中西部和貧困地區鐵路及相關設施，大力推動扶貧攻堅，促進區域協調發展，積極穩妥推進城鎮化，順應群眾改善生產生活條件、增加收入的迫切期盼。為確保在建項目順利推進，投產項目如期完工，新開項目抓緊實施，全面實現“十二五”鐵路規劃發展目標，現提出以下意見：
壹、推進鐵路投融資體制改革，多方式多渠道籌集建設資金。按照“統籌規劃、多元投資、市場運作、政策配套”的基本思路，完善鐵路發展規劃，全面開放鐵路建設市場，對新建鐵路實行分類投資建設。向地方政府和社會資本放開城際鐵路、市域（郊）鐵路、資源開發性鐵路和支線鐵路的所有權、經營權，鼓勵社會資本投資建設鐵路。研究設立鐵路發展基金，以中央財政性資金為引導，吸引社會法人投入。鐵路發展基金主要投資國家規定的項目，社會法人不直接參與鐵路建設、經營，但保證其獲取穩定合理回報。“十二五”後三年，繼續發行政府支持的鐵路建設債券，並創新鐵路債券發行品種和方式。（發展改革委、財政部、交通運輸部、人民銀行、銀監會、工商總局、鐵路局、中國鐵路總公司負責）
二、不斷完善鐵路運價機制，穩步理順鐵路價格關系。堅持鐵路運價改革市場化取向，按照鐵路與公路保持合理比價關系的原則制定國鐵貨運價格，分步理順價格水平，並建立鐵路貨運價格隨公路貨運價格變化的動態調整機制。創造條件，將鐵路貨運價格由政府定價改為政府指導價，增加運價彈性。（發展改革委負責）
三、建立鐵路公益性、政策性運輸補貼的制度安排，為社會資本進入鐵路創造條件。對於鐵路承擔的學生、傷殘軍人、涉農物資和緊急救援等公益性運輸任務，以及青藏線、南疆線等有關公益性鐵路的經營虧損，要建立健全核算制度，形成合理的補貼機制。在理順鐵路運價、建立公益性運輸核算制度之前，為解決中國鐵路總公司建設項目資本金不足、利息負擔重等問題，考慮到鐵路運輸公益性因素，中央財政將在2013年和明後兩年對中國鐵路總公司實行過渡性補貼。（財政部、鐵路局、中國鐵路總公司負責）
四、加大力度盤活鐵路用地資源，鼓勵土地綜合開發利用。支持鐵路車站及線路用地綜合開發。中國鐵路總公司作為國家授權投資機構，其原鐵路生產經營性劃撥土地，可采取授權經營方式配置，由中國鐵路總公司依法盤活利用。參照《國務院關於城市優先發展公***交通的指導意見》（國發〔2012〕64號），按照土地利用總體規劃和城市規劃統籌安排鐵路車站及線路周邊用地，適度提高開發建設強度。創新節地技術，鼓勵對現有鐵路建設用地的地上、地下空間進行綜合開發。符合劃撥用地目錄的建設用地使用權可繼續劃撥；開發利用授權經營土地需要改變土地用途或向中國鐵路總公司以外的單位、個人轉讓的，應當依法辦理出讓手續。地方政府要支持鐵路企業進行車站及線路用地壹體規劃，按照市場化、集約化原則實施綜合開發，以開發收益支持鐵路發展。（國土資源部、住房城鄉建設部、財政部負責）
五、強化企業經營管理，努力提高資產收益水平。中國鐵路總公司要堅持企業化、市場化運作，推進現代企業制度建設，改善經營、增收節支，依托幹線鐵路陸續開通、運力大幅增長等有利條件，千方百計擴大市場份額，依托運輸主業開展物流等增值服務，力爭客運年均增長10%以上、貨運實現穩步增長。建立完善成本核算體系、績效考核體系，有效控制建設和運營成本，提高經營效益。要在抓緊清理資產的基礎上，全面開展資產評估工作，摸清底數，盤活存量，優化增量，增強企業自我發展能力。要抓緊實現建設項目投產運行，做好站點設施和運營設備的配套，充分發揮鐵路網絡整體效益，提高增量資產收益。（中國鐵路總公司、財政部、鐵路局負責）
六、加快項目前期工作，形成鐵路建設合力。中國鐵路總公司、地方政府等項目業主要加強組織領導，密切協調配合，加大工作力度，切實做好建設方案、資金籌措和社會穩定風險分析等前期工作。中國鐵路總公司要會同有關部門加強施工監管和運營管理，確保工程質量和運行安全。發展改革、國土資源、環境保護等部門要加強溝通協調，建立聯動機制，加快項目審核，加快中西部地區和貧困地區鐵路建設，確保“十二五”規劃確定的鐵路重點項目及時開工，按合理工期推進。銀行等金融機構要根據自身承受能力繼續積極支持鐵路重點項目建設。中國鐵路總公司繼續享有國家對原鐵道部的稅收優惠政策，國務院及有關部門、地方政府對鐵路實行的原有優惠政策繼續執行。（中國鐵路總公司、發展改革委、財政部、國土資源部、環境保護部、交通運輸部、人民銀行、稅務總局、銀監會負責）
國務院
2013年8月9日 國務院關於組建中國鐵路總公司有關問題的批復
國函〔2013〕47號
交通運輸部、財政部、國家鐵路局：
原鐵道部關於報請審批中國鐵路總公司組建方案和公司章程的請示收悉。現就組建中國鐵路總公司有關問題批復如下：
壹、原則同意《中國鐵路總公司組建方案》和《中國鐵路總公司章程》。
二、中國鐵路總公司是經國務院批準，依據《中華人民***和國全民所有制工業企業法》設立，由中央管理的國有獨資企業，由財政部代表國務院履行出資人職責，交通運輸部、國家鐵路局依法對公司進行行業監管。
三、中國鐵路總公司以鐵路客貨運輸服務為主業，實行多元化經營。負責鐵路運輸統壹調度指揮，負責國家鐵路客貨運輸經營管理，承擔國家規定的公益性運輸，保證關系國計民生的重點運輸和特運、專運、搶險救災運輸等任務。負責擬訂鐵路投資建設計劃，提出國家鐵路網建設和籌資方案建議。負責建設項目前期工作，管理建設項目。負責國家鐵路運輸安全，承擔鐵路安全生產主體責任。
四、中國鐵路總公司註冊資金為10360億元人民幣，不進行資產評估和審計驗資；實有國有資本數額以財政部核定的國有資產產權登記數額為準。
五、中國鐵路總公司的領導班子由中央管理；公司實行總經理負責制，總經理為公司法定代表人。
六、中國鐵路總公司為國家授權投資機構和國家控股公司，財務關系在財政部單列，並依照國家有關法律和行政法規，開展各類投資經營業務，承擔國有資產保值增值責任，建立健全公司的財務會計制度。
七、同意將原鐵道部相關資產、負債和人員劃入中國鐵路總公司，將原鐵道部對所屬18個鐵路局（含廣州鐵路集團公司、青藏鐵路公司）、3個專業運輸公司及其他企業的權益作為中國鐵路總公司的國有資本。中國鐵路總公司的國有資產收益，應按照國家有關法律法規和有關規定執行，歷史債務問題沒有解決前，國家對公司暫不征收國有資產收益。在保證有關企業合法權益和自身發展需要的前提下，公司可集中部分國有資產收益，由公司用於再投入和結構調整。
八、建立鐵路公益性運輸補貼機制。對於鐵路承擔的學生、傷殘軍人、涉農物資等公益性運輸任務，以及青藏線、南疆線等有關公益性鐵路的經營虧損，研究建立鐵路公益性運輸補貼機制，研究采取財政補貼等方式，對鐵路公益性運輸虧損給予適當補償。
九、中國鐵路總公司組建後，繼續享有國家對原鐵道部的稅收優惠政策，國務院及有關部門、地方政府對鐵路實行的原有優惠政策繼續執行，繼續明確鐵路建設債券為政府支持債券。對企業設立和重組改制過程中涉及的各項稅費政策，按國家規定執行，不增加鐵路改革成本。
十、中國鐵路總公司承繼原以鐵道部名義簽訂的債權債務等經濟合同、民事合同、協議等權利和義務；承繼原鐵道部及國家鐵路系統擁有的無形資產、知識產權、品牌、商標等權益，統壹管理使用。妥善解決原鐵道部及下屬企業負債，國家原有的相關支持政策不變，在中央政府統籌協調下，綜合采取各項措施加以妥善處理，由財政部會同國家有關部門研究提出具體處理方式。
十壹、中國鐵路總公司組建後，要加強鐵路運輸調度集中統壹指揮，維護良好運輸秩序，保證重點運輸、公益性運輸，確保鐵路運輸安全和職工隊伍穩定。要有序推進鐵路建設，按期完成“十二五”規劃建設任務。要根據國家產業政策，完善路網結構，優化運輸組織，強化安全管理，提升服務質量，提高運輸效率和效益，不斷增強市場競爭力。要繼續深化鐵路企業改革，按照建立現代企業制度的要求，推進體制機制創新，逐步建立完善的公司法人治理結構，不斷提高管理水平和市場競爭力。《中國鐵路總公司組建方案》和《中國鐵路總公司章程》由財政部根據本批復精神完善後印發。
組建中國鐵路總公司是深化鐵路管理體制改革、實現政企分開、推動鐵路建設和運營健康可持續發展的重要舉措，各地區、各有關部門要積極支持，做好組建中國鐵路總公司的各項工作，確保鐵路體制改革順利、平穩實施。
國務院 2013年3月14日
2013年3月17日，中國鐵路總公司正式成立，盛光祖為法定代表人，出任第壹任總經理兼黨組書記。 根據第十二屆全國人民代表大會第壹次會議審議通過的國務院機構改革和職能轉變方案，不再保留鐵道部，組建中國鐵路總公司。
中國鐵路總公司自組建之日起，承繼原鐵道部負債。中國鐵路總公司承擔和履行原鐵道部發行的中國鐵路建設債券、非金融企業債務融資工具（短期融資券、中期票據等）及其他有關合同、協議項下的權利、義務，以及相應的債權債務關系和法律責任。
中國鐵路總公司 盛光祖
2013年3月15日 中國鐵路總公司掛牌成立，宣告著鐵路運輸政企分開。中國鐵路總公司是由中央管理的國有獨資企業，由財政部代表國務院履行出資人職責，總經理由原鐵道部部長盛光祖擔任。中國鐵路總公司仍執行原鐵道部的客貨運輸服務經營管理職能。在全國鐵路規劃中，總公司負責擬訂鐵路投資建設計劃，負責建設項目前期工作，管理建設項目等。
2013年3月17日，原鐵道部門口“中華人民***和國鐵道部”的牌子被撤，換為“中國鐵路總公司”的新牌。末任鐵道部部長、新任中國鐵路總公司總經理盛光祖與領導班子成員到場，與新門牌合影。
據來自遼寧的目擊換牌全過程的高先生表示，今晨7時30分左右，原鐵道部門口，警察突然清理門前拍照人員。工作人員將原“中華人民***和國鐵道部”的牌子撤下，並換為“中國鐵路總公司”的新牌。
隨後，盛光祖等中國鐵路總公司新領導班子成員到場，與新牌合影。拍攝照片前後不到1分鐘，盛光祖等人迅速回到院中。
記者上午在現場看到，原鐵道部門口，數十位民眾正在排隊與“中國鐵路總公司”新門牌合影。有色金屬研究總院退休科研人員汪有民表示，我本是來跟鐵道部門牌合影的，沒想到已撤了。
新成立的中國鐵路總公司已於2013年3月17日正式掛牌。
現場維持秩序的工作人員也確認，門牌是於今晨7時30分左右被撤換的，但國家鐵路局等其他門牌是否會掛上，他並不知情。