由於人體肛門附近神經分布廣泛，肛周對疼痛十分敏感，因此可以導致肛門疼痛的原因很多，它可能與壹些疾病密切相關。
其中壹大類使肛門疼痛的原因是肛門周圍的炎癥刺激，此類疾病多數並不嚴重，甚至可以自行緩解，因為這類的肛門刺激與飲食和外界刺激有關，在飲食方面過分辛辣，且並沒有及時做到很好的清熱消炎的措施，就有可能會導致排泄時或排泄後肛門因為刺激而感到疼痛，這種疼痛大多隨著炎癥消除可自行緩解。
而痔瘡也是其壹種表現形式，得痔瘡的人很多，大多數隨著飲食的改變和炎癥的消失而自行緩解。此外就是壹些壹些腸道疾病例如潰瘍性結腸炎，這種疾病常伴有腸道的炎性滲出，這些炎性滲出會刺激到肛門，導致疼痛。
另壹大類疾病就是肛門血栓以及肛門周圍組織受壓，此類疾病多表現為壓迫性肛門疼痛，很難自行緩解，大多需要就醫治療，治療血栓尤為重要。此外還有壹些導致此類疼痛的原因是結腸癌、子宮癌、前列腺癌等周圍器官病變導致的肛門壓迫性疼痛，需要醫生對癥進行處理，必要時采取手術措施緩解壓力和疼痛。
導致肛門疼痛的疾病很多，這些疾病可大可小，僅僅是辛辣食物的刺激或是癥狀較輕的痔瘡最為常見，但壹些潛在的腸道疾病也會導致肛門疼痛，而他們對身體帶來的影響程度也不壹樣，因此，及時就醫，配合醫生的治療措施，是非常有必要的。