為摸清紫薇的身份，太後特派晴兒與乾隆壹行人微服出巡。行程中，晴兒意外邂逅了簫劍。永琪和小燕子幾經波折最終收獲愛情。蒙古公主塞婭相中了爾康，為了紫薇幸福，小燕子說出了紫薇的真實身世，乾隆大怒，小燕子與紫薇、金瑣入獄，爾康等人在簫劍的暗助下劫囚，但因不舍班傑明和爾泰扛罪，選擇回來面對乾隆。乾隆冷靜思量之後原諒了小燕子並認了紫薇。塞婭此時和爾泰兩情相悅，順利完婚。紫薇、小燕子等人幫助皇上的愛妃——香妃逃出了皇宮，乾隆大怒欲將紫薇和小燕子斬首，劫囚大行動再次展開，班傑明、永琪、爾康、簫劍、柳青、柳紅眾人壹起開始了浪跡天涯的逃亡命運。
第三部
《還珠格格之人兒何處歸》
福爾康、永琪和班傑明的劫囚行動，乾隆發動侍衛圍捕小燕子等人。在簫劍的領導下，小燕子等人壹起邁入亡命天涯之途。紫薇在逃亡中，頭部受創而失明。歷經艱險大家終於重逢。爾康在與殺手搏鬥時受重傷，紫薇因爾康受傷眼睛奇跡般復明。簫劍帶著小燕子永琪班傑明到牧場務工，因與惡霸沖突引來追兵，眾人只好繼續往南陽逃亡。永琪難忍簫劍對小燕子的用心，迫使簫劍終於和小燕子相認。小燕子等人在南陽開了壹家十全十美面館。乾隆親自到南陽欲迎接他們回宮，卻爆乾隆是小燕子的殺父仇人事端，乾隆特派專人調查厘清誤會。永琪因受愉妃召喚不得不與乾隆回宮，但小燕子卻和簫劍、班傑明回到大理。小燕子苦守與永琪的兩年約定，班傑明同樣苦守著落單的小燕子，直到永琪和小燕子重逢的那壹天，班傑明留下祝福，悄然的離開