肉眼可見的發菜由多股藻絲纏繞而成，這種植物貼著地表生長，可以起到固定土壤的作用。此外，發菜還具有固氮(把空氣中的氮氣轉化成含氮的肥料)能力，可以給土壤增加肥力。
然而，由於它生長緩慢，大規模地采集發菜已經造成這種藻類資源的逐漸枯竭。而且，由於采集發菜通常使用釘耙“摟”的方式，在采集的同時也對地表的植被造成了毀滅性的破壞，這讓本來就十分脆弱的草原和荒漠生態環境更加惡化，失去了植被保護的土壤容易被侵蝕。過度采集發菜已經對中國西部地區的生態造成了破壞，受影響面積甚廣。2000年，中國已經宣布禁止發菜的采集和銷售。
另外，食用發菜還有可能對身體造成傷害。包括發菜在內的壹批念珠藻植物含有β-甲氨基-L-丙氨酸(BMAA)，這是壹種神經毒素。