故事大意：
在小智等人與希魯夫公司激烈對戰後的兩年。某天，小智接到以四天王誌霸所署名的挑戰書，接受挑戰後下落不明，只剩下傷痕累累的皮卡回到大木研究所。
就在大木博士等人為了尋找小智而忙的不可開交時，戴著草帽的神秘少年小黃出現了。他取得大木博士的認可後，帶著皮卡踏上尋找小智的旅程。
在尋找小智的這段期間內，小黃數次和關都四天王發生戰鬥。其實關都四天王的真實目的是想要建立神奇寶貝的理想國，消滅所有人類，只留下同理念的優秀訓練家。為達到此目的，四天王也派了他們的軍團，搶奪能產生強大能量的八個道館訓練家徽章。
之後，小黃來到紅蓮島，聽從道館館長夏伯的話，組成搭檔前往四天王的大本營——深紅島。那裏只有壹個入口，沒有出口。在那裏，小黃遇上了小藍、正輝、曾為小黃做過特訓的小茂以及火箭隊三幹部。由於目的相同，於是他們決定暫時聯手，分成四組，各自和四天王中的壹人對戰。
小茂與阿桔、小藍與娜姿、正輝與馬誌士，分別打敗了四天王的菊子、科拿、希巴。其間，小智突然出現，原來小智由於不願順從四天王，被科拿冰封起來。之後被神秘人物救出，草草準備後，火速趕往深紅島。
小黃與夏伯與渡交戰，小黃、超夢先繼敗下陣來。之後阪木出現，原來就是他救出了小智。可是阪木的到來正好提供了最後壹枚綠色徽章，戰況又壹步惡化，阪木見勢不妙，落荒而逃。最後，還是小黃與渡進行最後決戰。小黃憑借其堅定決心，打敗了渡，粉碎了四天王的陰謀。
應該是這個，望采納！