中壹名男子不小心將電擊棒掉落在地。男子撿起來的時候解釋自己經常出行野外，用來防身。柯南回去的時候，發現元太居然吃撐了去醫院。女醫生立原冬美開了藥。眾人離開後，冬美進入房間，靜靜地看著昏睡在床上的少年。 晚上，毛利大叔滿懷欣喜地去泡混浴溫泉，卻錯把獼猴當美女。小蘭園子還有小盆友們則去買禮物。孩子們興奮地討論給小林老師帶什麽，熊饅頭還是紀念手袋。灰原則拿起壹個印有天鵝的口杯。原來反面印的字是“我愛白鳥（天鵝）！”白鳥警部和小林老師頓時打了個噴嚏。 在園子的慫恿下，小蘭打電話給新壹，問問想要什麽禮物。柯南急急忙忙逃出去躲在樹下接電話。於是兩人背靠背地打手機。柯南蹲在樹下，在雪地上寫下了小蘭所說的三種禮物“熊饅頭，手袋，天鵝杯子”。然後柯南說那就手袋吧，說著在手袋那行字上畫了個圈。 正聊著，三個孩子忽然興奮地沖出旅館。柯南馬上壹句“回頭再聊”掛了電話。剛追出去不遠，忽然想起那三行字沒擦，回去已經來不及了。小蘭站在樹下，對著那三行字呆呆地站了許久。
畫面壹轉，三個孩子居然去玩雪橇車！還飛出去了！開出村子了！更牛逼的是，還翻車把雪橇弄壞了，無奈用無線電找柯南求助，柯南又聯系了旅館的人。等待救援的過程中光彥和元太互相責備爭吵起來，被柯南阻止：“語言猶如利刃，壹時偏差，可能會失去壹生的摯友。”運氣不錯，壹名叫武藤的男子開車路過，將眾人接回旅館。原來武藤是來見小學同學的。壹***五人，除了武藤，還有女醫生冬美，旅館負責人遠野水樹，以及事務所要地圖的兩人，山尾和攜帶電擊棒防身的冰川。這五人不僅是小學同學，關系還特糾結。山尾八年前出過車禍，開車撞死了壹名少女，這名少女是水樹的妹妹夏樹。武藤就是從頭至尾反對修建大壩的村民，因此壹直對出賣村子的冰川懷恨在心。看著這糾結的五人，眾人選擇默默回房。 睡前小蘭向園子說出了新壹的電話以及雪地字跡之事，並說覺得新壹壹直在身邊。 第二天清早，三個小孩又沖出去了，說要玩打雪仗。柯南和灰原雖然壹向PASS，這次卻被挑逗得童心大起，壹幫小孩從旅館壹直打到醫院。昏睡在床上的少年被歡笑聲驚醒，開窗，用結結巴巴的日語要求壹起玩。這名少年就是八年前墜崖昏死的冬馬，昏睡八年後雖然已經十五歲，心智卻只有七歲，而且對八年前的事完全沒有印象。母親冬美喜極而泣，而冬馬卻說“太好了，平安見到媽媽了”。
壹行人送冬馬去健康檢查，毛利大叔看到美麗的水樹小姐又開始勾搭了，什麽眼鏡不好看啊還是隱形好啊，弄得小蘭很不爽。沒想到午後水樹真的換了發型戴了隱形眼鏡，帶柯南他們去看天鵝。結果在山道上發現了死亡的冰川，電擊棒也被奪走了。 此時，水樹提到了十五分鐘生命時間。在雪山中救援，從出事到發現，十五分鐘決定生死。 新潟警方例行公事，壹問都沒不在場證明。 翌日清早，眾人發現冬馬在“小黑”的墓前哭。小黑是冬馬很喜歡的鄰家小狗，八年前發現昏迷在山坡下的冬馬的就是小黑。眾人安慰他的時候，忽然下起了冰晶，冬馬看到冰晶似乎對以前的記憶有所反應，感到頭痛。 吃過早飯，三個小屁孩就把冬馬約出去了，說是去看看天鵝的話說不定會回憶出什麽，因為八年前冬馬就是拿著望遠鏡去看天鵝出的事（狐貍發現這三個孩子就是喜歡沒事找事，從而推動劇情的前進= =）。柯南到冬馬家發現冬馬不在，卻遇到了冬馬的小學同學。那個女孩給柯南壹幅蠟筆畫，畫的是小黑，說是當初冬馬送給她的。畫是折疊的，畫面折在裏面。柯南忽然想起那晚冰川說起山尾撞死人的時候，拿出了當時報道的報紙，新聞那面卻是朝外。壹般來說為了保護內容都會記在裏面。起疑心的柯南偷偷進入冰川的房間，拿出那張紙，發現另壹面記錄的是東
京珠寶店搶劫殺人案，跟車禍居然是同壹天。 是巧合嗎？柯南正在思索，外面忽然傳來爆炸聲，通信塔被炸毀，固話和手機都沒法使用。柯南急忙用無線電召回灰原，兩人駕駛滑板帶著灰原去追冬馬。此時冬馬他們已經遭到狙擊，逃入壹個小山洞，這簡直是自找死路。柯南和灰原氣的教訓了他們壹頓。但事已至此無可奈何，壹行人在山洞中摸索出路。柯南壹邊急於趕去大壩，壹邊說了自己的推理。 八年前的珠寶店搶劫殺人犯，就是山尾。山尾在東京犯事後，帶著珠寶駕車逃回北澤，卻在村外撞死了夏樹。之後害怕被抓，暴露搶劫壹事，山尾將珠寶藏匿在北澤的祖母家中，選擇自首交通肇事。但是肇事現場被冬馬目擊，珠寶也被看到，所以他追殺冬馬滅口，導致冬馬墜落。沒想到等他服刑歸來，原來的北澤村已經被淹沒在水庫裏。所以他接下來的計劃，很有可能是炸毀大壩。至於冰川，從他收藏的那張新聞來看，他是因為得知山尾搶劫而被殺人滅口的。而在東京恐嚇知事炸毀列車，當然是為了嫁禍給反對修壩，對知事懷恨在心的武藤。如今看到有記憶恢復跡象的冬馬，他自然淡定不能了。 抵達大壩後，柯南讓三個孩子陪伴冬馬，灰原去找武藤，自己則去事務所通知炸彈壹事。沒想到事務所人員被電擊棒打暈。灰原用無線電 壹定要活下來......不要！
聯絡，說武藤也被電擊棒擊暈。通話中柯南遭到山尾襲擊，壹路逃到大壩上。危急時刻，趕到的水樹壹槍擊中山尾的肩頭，山尾在爭奪引爆器未果之後，被柯南的麻醉槍射中。 終於灰原，博士，武藤，冬馬，以及三個孩子趕到了。冬馬壹看到水樹不禁失聲：“是那個時候的大姐姐！雖然沒戴眼鏡，但不會錯的！” “果然是這樣，所以妳才接受毛利大叔的建議，改發型戴隱形吧。就是為了不讓冬馬回憶起來。八年前追殺冬馬的不是山尾，而是妳。” 原來八年前在村口，水樹與妹妹夏樹爭吵，失手將夏樹推到路中央。恰好此時山尾駕車沖過來，造成車禍。而冬馬不幸目擊了。 “當然，我相信大姐姐雖然因為滅口而狙擊冬馬，但最終沒有殺意。”柯南繼續解釋，“按剛才大姐姐的身手，不可能壹路上都射偏。” 真相雖然大白，炸彈卻爆炸了（這也是劇場版慣例，破案後平安結束的案子是沒有的）。大壩開始泄漏，下遊的北澤村岌岌可危。柯南讓壹行人先逃，自己則踏著滑板在洪流碎石間飛躍，尋找阻止毀滅村莊的方法。聞訊前來的小蘭園子以及毛利大叔，看到大壩爆炸，立即調轉車頭。前面車在逃，後面洪水在追。小蘭猛然發現了山道上疾馳的身影：“柯南！”
此時柯南已經決定，靠雪崩促使洪流改道，保護村莊。但浸水的滑板出現異常，冒著黑煙停下來。憤恨不已的柯南跪在雪地上大罵“混蛋”，雙拳狠狠地砸在雪地上。受到大吼震動的山體開始巨顫，雪崩爆發。柯南強制啟動滑板在山道上左沖右突，企圖逃避雪崩。小蘭更是恐懼地大喊“快逃啊柯南君！” 在柯南駕駛滑板壹躍而起的瞬間，他看到了從車窗探出頭驚恐交加滿是擔憂的臉。 “蘭……” 隨後柯南被雪崩吞沒。小蘭叫得撕心裂肺。 雪崩成功地阻礙了洪流，挽救了村莊。壹行人開始了挖掘柯南的行動。埋在雪下的柯南雖然聽到小蘭的呼喊，卻動不了，也出不了聲，再次昏迷過去。 小蘭拿出手機撥打柯南的電話，雙手壹直在顫抖：“求求妳，壹定要接通。” 來電鈴聲響了，大家迅速循聲找尋。小蘭刨出了柯南的手機，但挖得十指鮮血淋漓，也不見柯南的身影。
十五分鐘生死時間，只剩壹分鐘不到。 絕望的小蘭留著眼淚撥打了新壹的號碼，帶著哭腔大喊：“如果妳就在身邊的話，請救救我們，新壹！” 感到手機震動的柯南再次蘇醒，拼盡力氣按了腰帶的按鈕。足球破雪而出，從而告知了自己的所在。眾人終於將其救出。小蘭抱著柯南淚流滿面。 最後，該進局子喝茶的去喝茶，該回家的回家，該買禮物的買禮物，該療養的去療養。毛利大叔依然催促著大家快點回東京，因為他要趕著回去看洋子的節目……over。 最後的最後，柯南劇場版第十六彈，制作決定！