鳴人和佐助的因緣之戰結束2年之後，木葉忍者村臨近冬日的祭典。鳴人在拉面店“壹樂”與壹同成長起來的同伴們正度過著快樂的時間。在那之中，帶著自己偷偷編織的圍巾的雛田仍然沒能傳達自己的心意。雛田對於只能壹直在旁邊守望的自己感到厭惡。這時，壹個神秘的男人突然現身了。千鈞壹發之際，鳴人前來搭救了雛田，但那個男人卻留下“妳們將迎來滅亡的命運。就在這時，伴隨著強烈的光芒，隕石貫穿了夜空……
五影會談緊急開幕。在那裏就座的是各國的首長雷影、水影、土影、我愛羅。月球不斷靠近地球，其殘骸將會落向地面，可以說人類滅亡的倒計時已經開始了。忍者們為此陷入混亂。鳴人與小櫻、鹿丸、佐井以及雛田開始展開調查，並到達了壹個刻著巨大咒印的異質地底空間。在那裏等著他們的是，“某個計劃”以及大筒木舍人。這個男人的真實身份是曾經與鳴人、佐助展開殊死決鬥的查克拉之祖大筒木輝夜的子孫。在那瞬間，率領著傀儡隊的舍人現身，以壓倒性的力量將鳴人等人擊倒。雛田也終於落入了舍人的手中。與此同時，地面上的人們與不斷降落的隕石所進行的壯烈防衛戰也即將迎來極限。舍人終於道出的“真正的最終計劃”究竟是！？大筒木壹族，以及雛田她們的日向壹族之間的悲哀宿命究竟是！？即將到來的地球最後之日，眾人各自心懷不屈的意誌，超越時空展開激烈的沖突！