1. 海拔：上院位於海拔八百多米的山半腰，而下院則位於海拔三百多米的山下。
2. 建築：上院和下院的建築風格也不同。上院位於山腰，它的建築看起來更古老，更具古樸氣息。而下院位於山下，相比上院的古樸，下院的建築則更顯現代。
3. 居住人群：下院是女眾居住地，而上院是男眾與在家弟子的主要修行場所。
總的來說，東天目山昭明寺上院和下院在海拔、建築和居住人群方面存在明顯的區別。