明憲宗年間，宦官弄權，濫殺賢臣。俠客趙淮安（李連傑飾）在營救忠良行動中，終將惡貫滿盈的東廠提督曹少欽壹劍斃命，引來西廠督主雨化田（陳坤飾）祭出天下格殺令。趙淮安等人壹路亡命到嘉峪關的龍門，消失於鋪天蓋地的黑沙暴中。塵銷風散後，西廠密探、韃靼商隊等江湖各路人馬，再度投宿於龍門客棧這家大漠黑店。
三年前曾毀於大火的龍門客棧裏，當年的風騷老板娘金鑲玉早已神秘失蹤，只剩逃過火劫的夥計們重起爐竈，癡等老板娘回來。幾乎被世人遺忘的邊關客棧，再次因緣際會地風起雲湧：神秘劍客胡中玉的容貌，為何與雨化田如此相似？對客棧密道了若指掌的吹笛女子淩雁秋（周迅飾），難道就是金鑲玉本人？就在由雨化田親率的西廠追兵趕來之際，地平線突刮起數條龍卷奇風，趙淮安橫空飛出，欲與雨化田壹決生死。大漠風煙間，壹場天地變色的正邪之戰，即將展開。