《黑衣人：全球追緝》片尾其實是沒有彩蛋的，但影片中卻隱藏了不少彩蛋。第壹個彩蛋手持記憶消除器的logo女神;，這個鏡頭是在影片壹開始出現的，雖然匆匆閃過，但眼尖的網友還是看到了。
第二個彩蛋黃渤客串《黑衣人4》;，在前幾季《黑衣人》系列影片中，其實出現了不少大家熟悉的外星人，比如第二部中的邁克爾傑克遜、第三部中的姚明、現在第四部是黃渤，想想就令人很期待。
第三個彩蛋黑衣人M代號的由來;，片中女主成為黑衣人實習生之後，她的代號就是M，其實在第二部的時候，邁克爾傑克遜就想擁有M的代號，但沒能實現願望，這次女主獲得M代號，也說明她才是最合適的繼承者。
第四個彩蛋外星狗Frank再次登場;，黑衣人1997年剛登場的時候，片中就出現了名為Frank的外星狗，這次又驚現外星狗，其實也是為了向已經逝去的Frank致敬。
第五個彩蛋黑衣人系列和漫威有關聯;，其實《黑衣人》系列是根據同名漫畫改編的，如今黑衣人漫畫也在漫威旗下了，所以說兩者的關系還是很密切的。
第六個彩蛋致敬黑衣人三部曲;，威爾史密斯和湯米李瓊斯的黑衣人三部曲，可以說是非常經典了，而在第四部《黑衣人》中，也出現了致敬兩位前輩的片段，可謂是又引來了壹波回憶殺！