地理學中，確定河流的正源采用的原則有三個。 1、河源唯遠。 即此河流域最長的壹條河流為主流，以距離入海口最遠的出水口為源頭。國際上多采用這種方法。
2、水量唯大 。以此河流域水量最大者為主流，以貢獻最大的出水地為源頭，這種方法很難確定誰主誰支。
3、 歷史 習慣 。很多東西已被寫進各國教科書裏幾十年了，早已深入人心，不會輕易變更。就算亞馬遜河真的比尼羅河要長，但“尼羅河世界第壹長河”的說法流傳太廣、影響太大，幾乎成了全人類的***識，很難推翻。 目前公認的尼羅河的長度是6670千米，亞馬遜河的長度是6440千米（以馬拉尼翁河為源）。但有種說法：如果從烏卡亞利河的源頭算起，那亞馬遜河的長度會增加到7025千米 。但尼羅河的源頭也有爭議， 尼羅河最長的壹條支流在東非大裂谷蜿蜒很遠，以此為源可以確定的長度就達到7088千米 。這兩條超級大河看起來針鋒相對，互相不服氣，或許是背後的研究人員在互相較勁。
很早之前就認為馬拉尼翁河是亞馬遜河的源頭， 上世紀90年代美國國家地理學會組織22人到達亞馬孫河源頭區，確定了亞馬孫河的源頭在奈瓦多密斯米的雪山上。2001年6月《國家地理》雜誌載文說:“ 在奈瓦多密斯米這個地方，有壹塊水晶般的巖壁，上面流下了亞馬遜河的第壹滴水 。 ▲亞馬遜河源頭密斯米雪山
亞馬遜河源頭地理坐標為西經71° 41' 36”，南緯15° 30' 13”，高程5189米。此處雜草叢生，有積雪冰塊，遠處有白頭冰峰，插了壹座1米高的木頭十字架。 當地印第安語“奈瓦多”是冰雪覆蓋的山，“ 密斯米”則是這個地方的具體名稱 。那座被描繪為“水晶般的”巖壁大約十幾米高，石壁下面都是亂石。巖縫中噴出壹股比自來水大的水流，水流跌進亂石叢，成為小溪，向坡下流淌途中，又匯集了幾股散亂的小水流，這就是世界最大河流的源頭。但亞馬遜河的河水大部分來源於降雨，這個源頭對亞馬遜河的水量貢獻不大。
密斯米雪山距離太平洋海岸只有壹百多公裏，但受地形影響，卻蜿蜒向東，奔騰六千多公裏才註入大西洋 。
在亞馬遜河的中遊，也就是亞馬遜雨林的腹地，河道的寬度可以達到4-8公裏，在泛洪季節河道會拓寬數倍，形成汪洋澤國，猶如壹條巨大的森蚺躺在南美洲北部 。
有壹句話說到：世界上有兩種河流，壹種叫亞馬遜河，另壹種叫其他河流。不過亞馬遜河雖然資源豐富，但所帶來的經濟效益跟長江、密西西比河、萊茵河比起來差遠了。
亞馬孫河位於南美洲北部，穿過濃密的亞馬孫熱帶雨林，是世界上公認的流量、流域面積和支流數量最多的河流。不過，對於河流長度來說，傳統上認為它只能屈居第二，僅次於非洲的尼羅河。
亞馬孫河流域面積692平方公裏，幾乎是排行第二剛果河的兩倍，接近我國長江的4倍。亞馬孫河的流量平均可以達到12萬立方米/秒，是排行第二剛果河的3倍，是長江的4倍。從支流情況看，亞馬孫河的支流***有1.5萬條之多，最長的馬拉代河就有3200公裏，這是別的河流所無法比擬的。之所以亞馬孫河有這些世界之最，原因主要是地處熱帶低氣壓控制區，降雨量異常豐富，且全年降雨比較平均，加上中下遊地勢平坦，河網密布，使得水量和水能資源都非常豐富。
從1971年以來，裏馬克河壹直被認為是亞馬孫河的源頭，主要依據是河流常年流動的最長支流最遠點，不過這個觀點壹直受到質疑，壹方面源頭區至少有5條左右的河流都有可能成為最遠點，另壹方面如果按照”源頭從遠”原則，只要是有壹滴水能夠匯入亞馬孫河，而無論河流的徑流量和河道寬度變化，只要從這壹滴水形成的地點，沿著流動路徑，最後到匯入大海的距離最遠，則這滴水形成的位置，就可以成為源頭。
為了準確確定亞馬孫河的源頭，在上世紀90年代，美國國家地理學會組織相關科研人員，在可能成為源頭的區域進行了深入踏查，最終確定了亞馬孫河的源頭在奈瓦多密斯米雪山上。這個雪山海拔5189米，上面有冰雪覆蓋，從冰晶中融化的雪水，順著石塊縫隙向下流動形成小溪，最後匯入亞馬孫河幹流。
亞馬孫河上遊地勢較高，水流湍急。到了中下遊之後，流速逐漸放緩，河道變得寬闊起來，平均水深40多米，河道寬度在20-80公裏不等，在亞馬孫平原形成蜿蜒曲折的壯觀景象。
近壹個世紀以來，亞馬遜河的源頭被認為是阿普裏馬克河流域。積雪覆蓋5597米高的涅瓦多·米斯米山峰作為亞馬遜河最遙遠的源頭。 2014年美國人詹姆斯·康多斯和尼古拉斯·特裏普切維奇的壹項研究認為亞馬遜河最遙遠的源頭實際上是在曼塔羅河，比較曼塔羅河和阿普裏馬克河從最遠處源頭到匯合處的長度，顯示曼塔羅河的長度更長。
他們確定曼塔羅流域最遠處的點比阿普裏馬克流域的米斯米山上遊近80公裏，因此亞馬遜河的最大長度比之前認為的要長80公裏。 從源頭大約700公裏後，阿普裏馬克河與裏奧·曼塔羅河匯合，形成埃尼河，埃尼河與佩恩河匯合，形成坦博河，坦博河與烏魯班巴河形成烏卡亞利河。在阿普裏馬克和烏卡亞利匯合後，這條河離開了安第斯山脈，從這裏到約1600公裏的烏卡亞利河和馬拉尼翁河的匯合處，森林河岸就在水面上，在河流達到最大洪水水位之前就被淹沒了。
低矮的河岸只被幾座小山打斷，河流進入巨大的亞馬遜雨林。 亞馬遜河主要流經巴西和秘魯，是哥倫比亞和秘魯邊境的壹部分。它有壹系列的主要支流哥倫比亞,厄瓜多爾和秘魯，其中壹些流入馬拉尼翁和烏卡亞利河，而其他支流則直接進入亞馬遜地區。 從亞馬遜河大轉彎處的加那利鎮到內格羅，大片土地被淹沒在高水位下，只有陰暗森林的樹木上部分露出水面。在裏奧內格羅至塞爾帕的河口附近，靠近馬德拉河的對面，亞馬遜河的河岸很低，直到接近馬瑙斯，它們上升成為起伏的山丘。
只有大約10%的亞馬遜水進入比多斯的下遊，其中很少壹部分來自山谷的北坡。比多斯市上方的亞馬遜流域的流域面積約為5000000平方公裏，下方僅約1000000平方公裏(約20%)，不包括托坎廷斯流域的1400000平方公裏。 在亞馬遜河的下遊，北岸由壹系列陡峭的臺式山丘組成，從新谷河口對面壹直延伸到240公裏的阿雷格裏山。
雨季時，中遊馬瑙斯附近河道寬5公裏，下遊寬20公裏，河口段寬80公裏，河口呈喇叭型海灣，寬240公裏。如果把帕拉河和馬拉傑島的海洋包括在內，亞馬遜河河口寬約325公裏。下遊河道平均深為20～50米，最大水深100米，水位年變幅為9米。 亞馬遜河排出的淡水覆蓋了130萬平方公裏的面積，並在鹽度、酸堿度、透光度和沈積作用方面影響了北大西洋的廣大熱帶地區。