2005年，安溪普陀寺取得正式開放許可證。緊接著，進行工程報建相關的壹系列復雜工作，通過了各種報建與審核，取得《建設選址意見書》、《建築工程消防設計審核意見書》、《建設用地許可證》、《建設工程規劃許可證》、《施工許可證》等文件。
2008年11月2日上午，安溪普陀寺舉行圓通寶殿奠基儀式。省佛教協會副會長、泉州開元寺方丈道元長老，市、縣領導，以及海內外數百信眾參加奠基活動，安溪普陀寺拉開重建序幕。
安溪普陀寺采用唐朝建築風格，分三期建設。第壹期工程有圓通寶殿、鐘樓、鼓樓、僧寮等，工程總面積達7300平方米。目前在建的有2500平方米。壹期工程建設完畢，將於寺前再建壹座大寺院建築群，即為前院，供信眾香客進香旅遊，壹部分將作為僧人居住、學習、修行之用。前院全方位對外開放，前後並不相互影響。二期工程將建設停車場、山門、天王殿、觀音殿、大雄寶殿、法堂、藏經閣、祖師殿、伽藍殿、齋堂、茶文化活動室、佛教閱員室、檀越樓、雲水堂、茶坊、教室等設施。第三期工程，將準備在普陀寺右山建立壹座巨大觀音聖像，成為安溪縣城的壹個重要標誌。