《綠毛水怪》講的恰好是主角陳輝和楊素瑤（妖妖），由認識到相識到戀愛，最後在雲譎波詭的運勢戲弄中錯失交臂的感情故事。
排除結局的詭異，《綠毛水怪》的故事其實不是很難，童年的陳輝與楊素瑤是同學，由於個性獨特，思維上比同年齡人比較成熟而老師認為“復雜”。
有壹次兩個人遭到老師的不公平工資待遇，她們不甘心妥協，並聰明的抵抗，最後小小獲勝。這類同甘***苦的親身經歷讓他們成為了好朋友。
陳輝和楊素瑤都喜愛書本，喜愛閱讀文章，壹處小小舊書店變成許多人的密秘花園，她們壹起存錢購書，念書，在這個階段中，他們慢慢越來越形影不離、無話不說。
小學畢業後，由於各自讀不同的學校而分離出來壹段時間，但在命運的安排下，二人在學校又再聚首了。長大以後的她們在對方面前開始懂得羞澀，不再無話不說，但他們依然視另壹方為唯壹的知心。
陳輝每日下課後都送妖妖，守候她在到公交站的道路上。這類患得患失又心心相惜的日常生活經歷了2年，文化大革命開始了，陳輝和楊素瑤分道揚鑣，此後失去聯絡。
最後，壹身疲憊的陳輝從陜西省插隊回家尋找楊素瑤，依照妖妖留有的案件線索尋找她們家，卻從妖妖媽媽的嘴裏獲知，妖妖早已葬身大海，魂留他鄉。陳輝錯失摯愛，終日生活在煩悶中。