輸尿管結石的治療包括對癥治療、中藥治療、體外震波碎石與經內窺鏡摘石、手術取石等。
（壹）對癥治療
主要是控制腎絞痛，在明確診斷後可用阿托品0.5mg與杜冷丁50mg肌註，痛區亦可熱敷或行針刺，腰部敏感區可作皮下普魯卡因封閉（先做皮試）。亦可用心痛定或消炎痛栓劑塞肛。
（二）中藥排石治療
適於直徑在1cm以內、形狀橢圓、表面光滑的結石，腎盂造影無積水者。
治則與用藥：有清熱利濕，如金錢草、海金砂等。清熱解毒，如黃柏、銀花、連翹等。活血化瘀、軟堅化濕，如三棱、莪術等。補腎如肉桂、附子、肉蓯蓉等。補氣補血如黨參、黃芪等。還有各種排石沖劑，應用方便。
（三）體外震波碎石
采用X線定位的Dornier型機治療，已由上段輸尿管結石擴大到輸尿管中、下段結石。上段輸尿管結石宜采用斜側半臥位，對於髂骨翼重疊部位的結石應采用俯臥位；下段可采用半坐位，提高電壓，均可取得壹定的成功率。雖然輸尿管全長各部位的結石可用體外震波粉碎，但在結石較小、體胖患者有時存在定位困難，部位深、耗能多等問題，與粉碎腎結石比較，粉碎輸尿管結石的難度相對較高，總的效果比腎結石差。因此，必須加強震波時的定位準確性，有困難者同時作排泄性尿路造影或做膀胱鏡逆行插管與造影，以協助定位。如能將結石推入腎盂再行震波，則最為理想。造影劑能通過結石者常易震碎與排出。相反，即使結石不大，而上面積水明顯，尤其伴有輸尿管周圍炎，或逆行插管不能到達結石下方，震波碎石效果常不佳。
對於輸尿管下段較小的結石，可經膀胱鏡進行輸尿管擴張、套石、管口剪開。近年應用輸尿管鏡窺視下取石或激光、超聲碎石，雖然報告有40～78%的成功率，但值得註意的是術中可引起穿孔、撕裂等嚴重並發癥。
（四）手術切開取石
適應證是：
①輸尿管存在狹窄者；
②雙側或單側輸尿管結石嵌頓伴感染引起尿閉者；
③結石較大，腎積水嚴重，腎功能很差者；
④體外震波不能定位或震波失敗者；
⑤臨床不能除外腫瘤或結核；
⑥經濟因素。
手術前2小時須拍尿路平片定位。
如為女性輸尿管下段較大結石，有時經陰道穹窿部檢查觸及結石，經按摩使結石排出。