小智（レッド）
戰鬥之人。第壹位主人公，第九屆神奇寶貝聯盟冠軍。最初是壹名沖動的年輕訓練家，在旅程中漸漸成熟。在第五章結局中被石化。在第六章中被米拉特、克麗絲塔兒、阿金解除石化。
擁有的神奇寶貝：
妙蛙（妙蛙種子→妙蛙草→妙蛙花），皮卡（皮卡丘），蚊香（蚊香蛙→快泳蛙），卡比（卡比獸），暴鯉（暴鯉龍），翼龍（化石翼龍），阿布（伊布）
登場章：第壹至三章、第五至六章
登場單行本：1~4，6~7，9~11，13~15，23~26，29 小茂（オーキド?グリーン）
培育之人。頭腦冷靜，是小智的勁敵。他們的關系在旅程中不斷改善。小茂的初學者神奇寶貝是小火龍。小茂極為擅長培育神奇寶貝。曾在第九屆神奇寶貝聯盟中獲得準優勝（第二名）。在第三章就任常磐訓練館館長。後來在第五章結局中被石化。在第六章中被阿金和克麗絲塔兒解除石化。
擁有的神奇寶貝：
小火龍→火恐龍→噴火龍，飛天螳螂→巨鉗螳螂，哥達鴨，豪力→怪力，比雕，九尾，3D龍，鐵甲暴龍→超鐵暴龍，胡地，風速狗，椰蛋樹
登場章：第壹至三章、第五至六章
登場單行本：1~7，9，12~15，23~26，29 小藍（ブルー）
進化之人。真新鎮出生的少女，在5歲時曾被戴面具的男子用鳳王抓走，後逃出來。原本是穿著黑色連身裙，於火紅、葉綠篇換上全新的服裝。個性機智、有點容易得意忘形。後來在第五章結局中被石化。 在第六章中被阿金和克麗絲塔兒解除石化。
擁有的神奇寶貝：
阿龜（傑尼龜→卡咪龜→水箭龜），胖丁→胖可丁，小皮（皮皮→皮可西），小百變（百變怪），小墨（墨海馬），尼多（尼多娜→尼多後），布盧→ 布盧皇
登場章：第壹至三章、第五至六章
登場單行本：2~3，5~7，13~15，23~26，29 小黃（イエロー）
治愈之人。小黃在常磐森林出生，繼承了常磐森林所賜予的特殊能力，這使得小黃可讀取神奇寶貝的思想，也可以治愈神奇寶貝。曾在常磐森林迷路被小智所救，從而對小智產生好感，後聽從小藍的指示，出發尋找小智。為了保全小智與自己的良好關系，刻意戴上草帽來掩飾她真正的性別。不擅長收服神奇寶貝，也不喜歡讓神奇寶貝戰鬥。後來在第五章時,由小智將第壹代神奇寶貝圖鑒交給小黃，並在結局中被石化。在第六章中被阿金和克麗絲塔兒解除石化。
擁有的神奇寶貝：
丘丘 （皮卡丘），小拉拉（小拉達→拉達），小嘟嘟（嘟嘟→嘟嘟利），小毛蟲（綠毛蟲→鐵甲蛹→巴大蝶），小菊石（菊石獸→多刺菊石獸），小隆隆（隆隆石→隆隆巖），海刺龍
登場章：第壹至三章、第五至六章
登場單行本：3~7，11~15，24~26，29 阿金（ゴールド）
孵化之人。阿金在若葉鎮出生，家裏住著很多神奇寶貝，和它們如同家人般的生活在壹起，被若葉鎮的人稱為“神奇寶貝少年”。個性草率又冒失，但是愛護神奇寶貝的心卻不輸給其他人。從空木博士那得到火球鼠。第六章裏與克麗絲塔兒受命協助解除小智等人五位圖鑒所有者的石化。之後在第九章裏受渡所托平息阿爾宙斯的怒火。
擁有的神奇寶貝：
爆太郎（火球鼠→火巖鼠→火暴獸），尾太郎（長尾怪手→雙尾怪手），蛙太郎（蚊香蝌蚪→蚊香蛙→牛蛙君），向日太郎（向日種子→向日花怪），胡太郎（胡說樹），巨翅太郎（巨翅飛魚+鐵炮魚群），波克太郎（波克比→波克基古→波克基斯），皮丘
登場章：第三章、第六章、第九章
登場單行本：8，9，12~15，28~29，41—43 阿銀（シルバー）
交換之人。阿銀是阿金的勁敵，曾被戴面具男子抓走，後和小藍壹塊逃離，之後並壹直從旁協助小藍，查出事情的真相。個性冷靜，戰鬥實力強。從空木博士那裏偷走小鋸鱷，也從大木博士那偷走壹個新圖鑒。在火紅、葉綠篇時被確認是阪木的兒子，並在結局中被石化。在第六章中被阿金和克麗絲塔兒解除石化。
擁有的神奇寶貝：
小鋸鱷→藍鱷→大力鱷，狃拉（狃拉→瑪狃拉），黑暗鴉（黑暗鴉→烏鴉頭頭），海刺龍→刺龍王，圈圈熊，暴鯉龍，班吉拉，超鐵暴龍
登場章：第三章、第五至六章、第九章
登場單行本：8~9，12~15，22，24~26，29，41~43 克麗絲塔兒（クリスタル）
捕獲之人。克麗絲塔兒是大木博士為了完成圖鑒內容找來的捕獲專家。擅長使用各式各樣的寶貝球,其實力甚至被傳說中的精靈水君所肯定。於第三章結局完成大木博士完成圖鑒的任務。在第六章裏與阿金受命協助解除小智等人五位圖鑒所有者的石化。
擁有的神奇寶貝：
百萬蹦跳（菊草葉→月桂葉→大菊花），風速蹦跳（風速狗），天蹦跳（天然雀→天然鳥），可拉蹦跳（可拉可拉），派拉蹦跳（派拉斯特），艾蹦跳（艾比郎），迷蹦跳（迷唇娃），吸盤魔偶
登場章：第三章、第六章、第九章
登場單行本：10~15，27~29，41~43 路比（ルビー）
路比是橙華道館館長千裏的兒子，從城都地方搬到豐緣地方，為了挑戰華麗大賽而離家出走。雖然很著重外表，但其隱藏的戰鬥力不可小覷。從小田卷博士那得到水躍魚。及後與莎菲雅協助平息豐緣地方的兩只超古代神奇寶貝之爭鬥。在第六章與沙菲雅到邊疆參加小光表姐的婚禮，並協助米拉特保護基拉祈。
擁有的神奇寶貝：
祖祖（水躍魚→沼躍魚→巨沼怪），娜娜（土狼犬→大狼犬），可可（向尾貓→優雅貓），魯魯（拉魯拉斯→奇魯莉安），米米（笨笨魚→美納斯），泡泡（漂浮泡泡），正電拍拍
登場章：第四章、第六章
登場單行本：15~22，27~29 莎菲雅（オダマキ?サファイア）
莎菲雅是小田卷博士的女兒，從父親那得到火稚雞，看似十分野性，其實原先是個溫柔的少女；她以得到豐緣地方的所有練功場的徽章為目標而和路比定下了為期80天的約定；及後與路比協助平息豐緣地方的兩只超古代神奇寶貝之爭鬥；在第六章與路比到戰鬥邊疆參加小光表姐的婚禮，並協助米拉特保護基拉祈。
擁有的神奇寶貝：
稚稚（火稚雞→力壯雞→火焰雞），多拉拉（可可多拉→可多拉→波士可多拉），艾魯魯（吼鯨王），費多多（頓甲），特羅羅（熱帶龍），基拉拉（古空棘魚），負電拍拍
登場章：第四章、第六章
登場單行本：15~22，27~29 米拉特（エメラルド）
米拉特是真正的豐緣地方第三個圖鑒的擁有者（因第四章圖鑒曾被小光拿去）。額頭上的“綠寶石”是原先神奇寶貝協會打算人工制造作為控制烈空座的媒介——“翠色寶珠”。為了追隨水晶而向大木博士自薦成為圖鑒擁有者，並在第六章獲得向基拉祈“許願”的任務。有能在壹瞬間看出神奇寶貝的出生地的本領，並且用身上攜帶的土令神奇寶貝冷靜下來的特技。
擁有的神奇寶貝：
蜥蜴王，夜巨人，胡說樹，吸盤魔偶，卡比獸，巨翅飛魚
登場章：第六章
登場單行本：26~29 戴亞蒙德（ダイヤモンド）
作為相聲演員，戴亞蒙德他在與帕爾的相聲表演中充當發呆役。在帕爾認真起來的時候，有時會用戴亞蒙德的全名來稱呼他。戴亞蒙德經常表現出傻乎乎的樣子，並且總是和他的神奇寶貝們在壹起不停地吃東西，和總是元氣十足的帕爾形成強烈的反差。然而在提到和食物有關的事情時，戴亞蒙德就會認真起來，並且他還是制作面寶的專家。盡管看起來非常遲鈍，但其冷靜的性格卻使戴亞蒙德有著非同壹般的洞察力，往往會最早發現壹些不起眼的小細節，這壹點使得他在後面的對戰中經常出奇制勝。
擁有的神奇寶貝：
阿龜（草苗龜→樹林龜→土臺龜），阿比（小卡比獸），阿龍（盾甲龍→護城龍），阿舌（大舌舔），阿豬（象牙豬）
登場章：第七至八章
登場單行本：30~40 帕爾（パール）
帕爾戴亞蒙德從小時候起就是朋友，聰明、機靈而且元氣十足的他和同伴戴亞蒙德形成鮮明對比，雖然帕爾經常罵戴亞蒙德和打戴亞蒙德，但他十分珍惜與戴亞蒙德的友誼。不過帕爾有時的急躁也會讓他們陷入麻煩之中。在與戴亞蒙德的相聲表演中，帕爾壹般是逗哏。由於從小接受爸爸的熏陶，帕爾具有幽默的性格。
擁有的神奇寶貝：
小火彥（小火焰猴→猛火猴→烈焰猴），聒噪彥（聒噪鳥），倫琴彥（倫琴貓），泳氣彥（泳氣鼬），地鼠彥（地鼠），泰羅彥（肯泰羅）
登場章：第七至八章
登場單行本：30~40 普蘭汀娜（プラチナ?ベルリッツ）
普蘭汀娜·貝爾裏慈於出身的貝爾裏慈家族是神奧地區最富有的家族，所以她的名字很少被公開，在許多場合被稱為大小姐。貝爾裏慈家族素有壹定年齡的少年登上天冠山頂收集礦物打造家徽的傳統。在普蘭汀娜開始收集礦物的旅行之前，她與父親都是真砂鎮山梨博士的助手，學習的經歷讓她對神奇寶貝有了充分的了解。
擁有的神奇寶貝：
波加曼→波皇子→帝王拿波，小火馬→烈焰馬，長耳兔，雪妖女，帕奇利茲，櫻花兒
登場章：第七至八章
登場單行本：30~40 布萊克（ブラック，暫譯）
布萊克從小立誌要戰勝合眾地區神奇寶貝聯盟的所有道館館主、四天王和冠軍。在發生情況時，他總會用夢蝕的招數“食夢”來清空自己的大腦，並在大腦中出現許多棋盤格，產生敵人的形狀，判斷方向以來攻擊。因為第壹次出場時，懷特正在拍攝電影，恰好有壹只電蜘蛛搗亂，布萊克搞定了它，卻被懷特告知他要賠償她50倍的修理費，被迫成為“BW攝影社的社員，跟隨懷特四處旅行演出。
擁有的神奇寶貝：
武王（暖暖豬→炒炒豬→炎武王），阿勇（幼獵鷹→空戰鷹），夢蝕（食夢夢→夢夢蝕），阿蛛（電蜘蛛），阿肋（原蓋海龜→肋骨海龜）
登場章：第十章
登場單行本：43~50 懷特（ホワイト，暫譯）
懷特是“BW事務所”的社長，在壹次拍攝過程中，因偶然遇見布萊克，且他有壹只雄的暖暖豬，於是留下他來協助拍攝，因為壹只電蜘蛛的搗亂，使布萊克出手擊敗了它，但卻破壞了拍攝現場，懷特只好收他為社員，但布萊克要賠償懷特50倍的修理費，於是兩人踏上了在合眾地區的旅程。
擁有的神奇寶貝：
小豬豬（暖暖豬），阿曼達（青藤蛇→君主蛇），桃樂絲（泥巴魚），單寶（單卵細胞球），娘希（保母曼波），潔西卡（四季鹿），芭芭拉（禿鷹小子）
登場章：第十章
登場單行本：43~50 主條目：四天王 關都四天王
成員：渡、科拿、希巴、菊子
關都四天王首次登場是在小智與小茂進行最後對戰的時候。在第二章中，他們作為反派，並稱火箭隊、阿桔、馬誌士、夏伯和小智等主角三人壹組才能打敗其中壹人。他們的意圖是收集關東地區的八個訓練師徽章，獲得洛奇亞的力量，建造適合神奇寶貝生存的理想之鄉。計劃失敗後隨即解散。 城都四天王
成員：壹樹、梨花、阿桔、希巴
成都四天王在第三章末尾組成。其由能力傑出的、先前隸屬於邪惡組織的神奇寶貝訓練家們組成。壹樹（原假面人隨從）、梨花、阿桔（原火箭隊幹部）和希巴（原關東四天王成員）四人不再受人控制後，團結壹心互相磨礪。他們在第九章的神奇寶貝全能競技賽中再次登場，並於其後與渡的快龍交手。 豐緣四天王及冠軍
成員：大吾（前任冠軍）、米可利（現任冠軍）、芙蓉、花月、波妮、源治
豐緣四天王是由豐緣地方的神奇寶貝聯盟賽，名次僅次於冠軍的四人所組成。豐緣四天王及兩位冠軍在第四章中登場，幫助主角壹行捕捉了三只傳說中的神奇寶貝（雷吉洛克、雷吉艾斯、雷吉斯奇魯）來承載固拉多和蓋歐卡大戰釋放出的能量。 神奧四天王及冠軍
成員：竹蘭（冠軍）、阿柳、菊野、大葉、悟松
神奧四天王是由神奧地方的神奇寶貝聯盟賽，名次僅次於冠軍的四人所組成。他們中首個出現的是四天王大葉。其余人物在第八章被神奇寶貝協會主席找來，破譯冥王備忘錄中的古代文字。 合眾四天王及冠軍
成員：阿戴克（冠軍）、樒樒、越桔、蓮霧、嘉德麗雅
合眾四天王和阿戴克在布萊克表示要打敗他們時首次登場。但他們從未在主角面前以壹個集體的形式出現。除去早已出現的嘉德麗雅，越桔遇見過布萊克，樒樒遇見過懷特，蓮霧在不同的場合分別遇見了布萊克和懷特。 阪木（サカキ）
阪木是以關都為據點，暗中活動的秘密組織火箭隊的組織者。同時也是常磐市的前任道館館長，專長地上系，人稱“大地的阪木”。在對戰中，阪木反應迅速，能針對各種情況做出妥當的分析。
在本作中，阪木不止實力高深莫測，亦有將身平經驗所著成書以傳授後人的廣闊胸懷，在他身上蘊含著若隱若現的宗師風範。形象和遊戲中大致相同，然而特別篇中的阪木更加殘酷，喬裝試探小智時，他利用鐵甲貝的冰技殘忍的分裂鴨嘴火龍的軀體。此外他的下屬還包括了馬誌士、阿桔、娜姿三位道館館長。 赤焰松（マツブサ）
赤焰松是以豐緣為據點，暗中活動的秘密組織火巖隊的首領。性格與水梧桐對比鮮明，自由奔放大膽。實力難以忽視，與水梧桐勢均力敵。赤焰松企圖操縱超古代神奇寶貝固拉多增加陸地面積，卻被操控用的寶珠控制。在脫離了寶珠的控制之後，決定與水梧桐壹起打倒面前所有的阻礙征服世界。
要求手下稱呼他為“頭目”。 水梧桐（アオギリ）
水梧桐是以豐緣為據點，暗中活動的秘密組織水艦隊的首領。個性冷靜，同時冷酷無情。以電視臺上層人員為名目掩蓋組織的活動，企圖找出超古代神奇寶貝蓋歐卡，並操縱它增加海洋面積。在脫離了寶珠的控制之後，決定與赤焰松壹起打倒面前所有的阻礙征服世界。及後第六章再度登場，並利用基拉祈來擴張海洋。
要求手下稱呼他為“總帥”。 赤日（アカギ）
赤日是以神奧為據點，暗中活動的秘密組織銀河隊的組織者。赤日是壹位沒有情緒的男人，為了摧毀和重建世界而建立銀河隊。赤日領導著幹部夥星、歲星、鎮星、冥王，並多在百代市和帷幕市隱匿。後於槍柱召喚帝牙盧卡、帕路奇犽，被戴亞蒙德、帕爾和普蘭汀娜打斷後，又被騎拉帝納帶入破格的世界。得救後，解散銀河隊。 N（N）
N是電漿團的重要人物。他將神奇寶貝稱作朋友，並希望將神奇寶貝與人類像黑與白壹樣分離開來。智商非常高，被稱作“數學的魔術師”，可以看到人的過去及未來。據說是神奇寶貝所生的人類，很愛神奇寶貝，和人類保持距離。認為自己是完全的存在，因為疏遠人類而被人類所畏懼，所以與神奇寶貝有著非常緊密的關系。 魁奇思（ゲーチス）
魁奇思是電漿團的七賢人之壹，也是電漿團的真正的首領。在電漿團襲擊神奇寶貝聯盟的行動中，魁奇思表現出了絕對的實力和冷酷的本性。在N被擊敗逃走後，魁奇思向布萊克承認自己是N的父親，同時表示N只是自己的傀儡，自己的真實目的是讓神奇寶貝成為電漿團的專屬品。魁奇思還試圖殺死布萊克，以防N被擊敗的事情泄露。義憤填膺的布萊克通過打擊魁奇思的弱點擊敗了魁奇思，並用石刃困住魁奇思，結束了其陰謀。在第十壹章中，魁奇思放棄了領導職位，但依舊在電漿團中積極活動。 Ⅰ關於《特別篇》中出現的各組織，請移步：火箭隊，火巖隊，水艦隊，銀河隊Ⅱ關於《特別篇》中登場的道館訓練家們，請移步：道館館主
Ⅲ關於《特別篇》中登場的開拓之腦們，請移步：對戰開拓區
Ⅴ關於《特別篇》中登場的其他人物，請移步：大木博士，究極婆婆，空木博士，胡桃，米那君，小田卷博士，小光，亞希達，山梨博士，彩子，亞玄，帥哥，芽米，小麥，紅豆杉博士，黑連，白露