1.壹般治療
臥床休息，消化道隔離。給予易消化、高熱量、高維生素、低脂肪飲食。限制進食牛奶以防腹脹。避免刺激性、多渣食物。可用物理降溫。停用原有抗生素。忌用止瀉藥。可應用微生態制劑。
2.液體療法
靜脈補液：應靜脈輸液，以補充水分、熱量，及時糾正酸堿平衡和電解質紊亂。原則上損失多少補多少，遵循“先鹽後糖，先快後慢，糾酸補鉀”的方針。口服補液：適用於輕度失水者和靜脈補液後病情已有改善者。
3.抗真菌治療
首選制黴菌素口服。重癥或口服有困難者選用氟康唑或二性黴素B合用，氟胞嘧啶（5-氟胞嘧啶）靜脈滴註。
（1）制黴菌素 為多烯類抗真菌抗生素，因不溶於水，口服不吸收，故副作用較小。可與大蒜素合用。
（2）大蒜素 為大蒜經真空分餾得到的壹種有效揮發油，化學名為三硫二丙烯，亦可人工合成。
（3）氟康唑 為取代酮康唑的新壹代三唑類化學制劑。此藥應避免與降低胃pH值的堿性藥物同服；也應避免與降血糖藥、環孢素A、苯妥英鈉、利福平、H2拮抗藥等合用，以免相互幹擾、加速代謝而降低療效。
（4）伊曲康唑 作用與氟康唑類似，僅供口服。用法及註意點同氟康唑。用於治療副球孢子菌腸炎，療程需6～12個月。