1、院系設置不同：哈工大深圳校區有理學、工學、管理學、經濟學4個學科門類，涵蓋22個學科大類;設有10個學院及33個本科專業。哈工大(本部)下轄22個學院，開辦84個本科專業，涵蓋了哲學、經濟學、法學、教育學、文學、歷史學、理學、工學、管理學、藝術學等10個門類。
2、地理位置不同：哈工大深圳校區位於廣東省深圳市，哈工大本部位於黑龍江省哈爾濱市。
3、學校的師資力量不同：哈工大深圳校區有全職教師400余人、兼職教師150余人、在站博士後130余人，有20余位兩院院士，全職教師中93人次入選國家級人才計劃，256人次入選地方級人才計劃，20位中國國內外專家受聘為哈工大(深圳)首席學術顧問。哈工大本部有專任教師總數為4165人，其中具有正高級職務的1337人，具有副高級職務的1683人。有兩院院士39人，國家級教學名師9人，青年學者19人，國家傑出青年科學基金獲得者53人，國家自然基金委優秀青年基金獲得者49人，國家萬人計劃"領軍人才46人、青年拔尖人才23人，“百千萬人才工程"國家級人選32人，“973計劃”首席科學家12人，創新人才推進計劃44人;國家自然科學基金委創新群體7個，教育部科技創新團隊12個，科技部重點領域創新團隊5個，國家級教學團隊6個，工信部研究型教學創新團隊4個。
4、建校的時間不同：哈工大深圳校區成立於2017年，哈I大本部始建於1920年。
5、高考分數不同：在高考的時候，哈工大本部的錄取分數要高於深圳校區。