1、營養的區別
土雞蛋的雞是自然散養的，脂肪量會略高於普通雞蛋，包括不飽和脂肪酸和磷脂；普通雞蛋的雞是通過飼料養殖的，飼料是進行了科學的配比還添加了膳食纖維，所以膽固醇和脂肪含量略低。而在雞蛋蛋白質的差異上，土雞蛋會略高，總的來說，兩種雞蛋的營養各有千秋，但是差異不大。
2、味道的區別
土雞蛋由於其的產生周期長、水分少、脂肪含量高，所以真正的土雞蛋蛋黃會比普通雞蛋的黃，而且味道更香，蛋腥味低。不過土雞蛋的產量低，單價高，在市場上大量售賣的土雞蛋也不是真正意義上的土雞蛋，但是如果沒有人提醒，壹般也無法辨別。
3、安全性的區別
土雞蛋多為農家飼養的土雞所生，然而土雞所處的生長環境、所食何物和病情都無法預知，容易誘發食品安全問題；而普通雞蛋是養雞場飼養的雞所生，這些雞壹般都註射過疫苗，在食品安全上相對放心，所以不同雞蛋的安全性更好。