1、級別不同：首都博物館是集收藏、展覽、研究、考古、公***教育、文化交流於壹體的博物館，是北京地區大型綜合性博物館，屬中國省市級綜合性博物館，而中國國家博物館是歷史與藝術並重，集收藏、展覽、研究、考古、公***教育、文化交流於壹體的綜合性博物館，隸屬於中華人民***和國文化部。
2、建築面積不同：國家博物館是世界上建築面積最大的博物館，總建築面積近20萬平方米，總用地面積7萬平方米，建築高度425米，地上5層，地下2層，而首都博物館總建築面積63390平方米，是全世界最受遊客歡迎的博物館之壹。