嘉靖年間，浯嶼水寨遷往廈門。起因是，景泰三年福建巡撫焦宏認為浯嶼水寨“孤懸海外，”難於駐守、管理，議將其移至廈門(14)。同年，“尚書薛希璉經略海上，以其地孤遠，奏移之。嘉靖間移入廈門。”(15)胡宗憲《籌海圖編》卷四《福建事宜》雲：“浯嶼水寨原設於海邊舊浯嶼，……不知何年建議遷入廈門地方”，到底何時遷寨？顧祖禹的《讀史方輿記要》(卷九十九)以為是成化年間遷移。《廈門誌》對此也無把握，只好存二說待考，壹是景泰三年說；壹是正統初年說。
筆者以為遷寨時間當在嘉靖初年。按劉天綬修，林魁、李愷等纂，成書於明嘉靖十四年的《龍溪縣誌》記載：“浯嶼……官軍備倭者置水寨於此，今遷於嘉禾裏(廈門別稱)，此地遂為倭盜泊舟之所。”(16)《龍溪縣誌》主筆是林魁，魁為弘治十五年(1502年)進士，歷官雲南兵備副使、廣東參政，著有《白石野稿》十七卷，文筆以嚴謹著稱，修誌也當詳實。他纂《龍溪縣誌》於嘉靖十四年，以“今遷於嘉禾”句度之，遷寨時間必與纂誌時間相近，也就是嘉靖十四年(1535年)之前不久。況且，又有《泉州府誌》和《同安縣誌》佐證之。
遷至廈門中左所之後的水寨，仍沿用“浯嶼水寨”舊稱，為區別水寨，明人即改稱浯嶼島為“舊浯嶼”如張燮在《東西洋考》卷八《稅珰考》中雲：“舊浯嶼元系彼國通商處所。”(17)水寨遷後，浯嶼島頓顯空虛，遂為盜倭之淵藪。“舊浯嶼棄而不守，遂使番舶南來據為巢穴，是自失壹險也。”(18)“(水寨)遷於廈門，而故地遂為賊船巢窟。”(19)“至(嘉靖)二十六年，朱紈為巡撫，嚴禁通番。其人(指葡萄牙殖民者)無所獲利，則整眾犯漳州之月港、浯嶼。”(20)鑒於舊浯嶼之險象環生，嘉靖三十七年(1558年)“都禦史王詢請分福建水軍為三路，各領以參將。泉漳壹路駐詔安、南日、浯嶼、銅山、懸鐘等處，皆聽節制。四十壹年(1562年)總兵俞大猷請備沿海墩臺，以備瞭望。四十三年(1564年)巡撫譚綸請復五寨舊地”(21)雖然復水寨於故址之議沒結果，但“隆慶四年(1570年)增設浯銅遊兵，統以名色把總壹員，兵五百三十六名，駐中左所”，(22)“萬歷二十年(1592年)移南路參將駐鷺門，居中調度，轄銅山、浯嶼二寨，浯銅、澎湖二遊”。(23)直到萬歷三十年(1602年)浯嶼水寨仍在廈門中左所，水寨在廈門歷時70年左右。至於舊浯嶼的防衛則由巡哨水軍負責。