然而，汞具有很強的毒性。它可以被人呼吸時從空氣中吸入體內，也可以通過皮膚滲透。水銀中毒可以引起視覺、聽覺和說話能力的退化，減低人的協調能力。小孩子水銀中毒後還會發生頭發、牙齒、指甲脫落，臉發紅，皮癢等癥狀。孕婦水銀中毒後可能導致嬰兒先天性殘疾。
汞也是人們在日常生活中比較容易接觸到的有毒元素。隨著環境汙染的嚴重化，市場上的魚類食品普遍地含汞。如果過多的吃魚，尤其是在食物鏈頂端的大魚，也會發生慢性水銀中毒現象。壹般來說，應該避免吃鯊魚、劍魚等等含汞量大的魚。同時每周吃魚次數不超過兩次，以避免攝入過多的水銀。
大氣層中也含有壹定程度的水銀汙染。用煤炭做燃料的火力發電站會排放相當大數量的含汞廢氣，火山爆發也會把大量的水銀氣體傾瀉進大氣層。前面說的那些使用水銀材料的儀器，尤其是溫度計和燈管等等，破裂後其中的水銀蒸汽也會逃逸，甚至與人體發生直接接觸。這些儀器破裂後，應該立即設法通風使泄漏的水銀蒸汽擴散，並不要讓嬰兒在附近玩耍。
因為水銀的毒性，現在有些國際組織正在設法推動全面禁止在家用儀器中使用汞作材料。