在光球之上的層稱為色球，因為它帶紅色，可在日全食中看到。色球內層吸收了壹些從光球來的光，而造成了太陽光譜中的吸收暗線。這種吸收之所以發生，是由於色球較下層要比光球冷。可是，色球的溫度隨其高度而上升，直到上邊界而達1000000K。
太陽的“天氣”大部發生在色球處。在氫光或鈣紫光下看色球，出現稱做譜斑的亮區。這些譜斑通常位於太陽黑子之上或其附近，在近太陽黑子的光球上，可能是光斑的伸展。
更劇烈得多的現象就是耀斑，是出臺譜斑區的色球的突然爆發。耀斑會發射出高能的輻射和帶電粒子。通常，耀斑形成得很快，幾分鐘內便達到其最高亮度，隨後便慢慢地消失了。極強的耀斑會發射X射線、射電波和壹群帶電粒子。這種巨量的能量噴射會對失去地球大氣層蔽護的太空旅行者造成很大的危險。因為這些高能輻射會穿透飛行器的外壁而損壞人體細胞。
早期天文學家已註意到：在日食的暗盤周圍出現巨大的紅色光環和冕流。這些冕流稱為日珥。後來，稱為暗條的黑長線狀區，被證實為它們靠近太陽邊緣時的日珥。暗條或日珥散布於太陽表面。像大多數的太陽現象壹樣，我們尚未弄清它們。有幾種日珥，寧靜的日珥可維持其形狀達數月之久，而在活動區與黑子相結的日珥則短命。長的日珥可伸長到幾萬千米，其寬度常達幾千千米。它們像是由不斷從日冕落到色球中的發光物質所形成，有點像地球天空中凝結成的雨，而日珥本身則會上升，有時爆炸的上升速度達每秒數千千米。