聖公會曾於壹九壹O年由季盟濟會長在南京馬府街賃屋開始傳道。壹九壹二年購置門簾橋即今太平南路壹座舊屋。壹九壹三年拆除舊房，準備重建教堂。負責建造該堂的是該堂會長季盟濟，他從美國壹位聖公信徒那裏征募到壹筆捐款，這位信徒的兒子在第壹次世界大戰中犧牲，他為了紀念他的兒子而捐了這筆款子。聖保羅教堂按教堂形式設計，由金陵大學建築工程師齊兆昌監造。由陳明記營造廠承建。全部建築費用包括設備為壹萬二千美元，折當時幣四萬八千銀元。於壹九二三年落成，並正式命名聖保羅堂。舉行了隆重的祝聖典禮。保羅堂典雅精細，外觀屬於較為地道的哥特式建築，內在結構用中國傳統的構架取代了哥特式的尖券交叉拱。
聖保羅堂最盛時期是1935年。由於同道的努力，得到了進壹步的發展，基金也顯著增加，教徒發展到千余人，還派遣堂牧出國深造。與此同時，還附設了學校、診療所等，教友達千人。1937年，日寇侵占南京，該堂診療所、布道所、書報堂、主日學課屋及壹部份職員宿舍被焚毀。但主體未受損失。該堂組織，抗戰前有董事會，因事變遂解散，壹九四。年壹月又重新組織，每月舉行董事會壹次。壹九四三年三月，該堂被日本憲兵隊占領，宗教活動被迫遷到豐富路神召會房屋內維持聖工。主日上午仍然舉行聖餐及崇拜，下午借新姚家巷協進會布道所舉行晚祈。牧師薪金僅靠自己在校外兼課收入維持。女傳道則離職去滬謀生。由於日寇暴虐，有些牧師因傳道被扣留，教徒見此大都不敢參加宗教活動。抗戰勝利後，收回太平路和白下路兩處教產，由傅、湯二位牧師清理堂址，重建大門，修葺房屋，種值花木，始復舊觀。壹九四五年九月十六日舉行潔凈聖殿禮，主日崇拜等，恢復了壹切事工。兒童崇拜、兒童主日學、唱詩班、男女傳道服務團，婦女聚會、青年團契、聖經班等均完全恢復。到解放初，教徒仍在二、三百人之間。
該堂在抗戰前，設有鄉村分堂兩所，壹所在江寧縣東流鎮，壹所在江寧縣湯山鎮。均由呂筱亭助士主持。東流、湯山教堂被日寇炸毀，此後未能恢復。
聖保羅堂是南京基督教聖公會的禮拜堂，壹九五二年已歸屬市基督教三自愛國會。至文化大革命前，壹直是南京基督教正常禮拜的主教堂之壹。“文革”期間為工廠占用。壹九八四年四月，已歸還市三自愛國會。壹九八五年七月二十八日，重新正式開堂。現為南京市文物保護單位。