第壹、疼痛。疼痛可以表現為：排便引起的周期性的疼痛，這是肛裂的主要癥狀。排便時刺激潰瘍的神經末梢，立即感到肛門疼痛，數分鐘後可以緩解。之後又因為括約肌痙攣產生劇痛，這時期可以持續半個小時到數個小時，讓人疼痛難忍，直到括約肌疲勞，肌肉松弛，疼痛緩解。如果再次排便又發生疼痛，上述癥狀又再次發生，所以稱肛裂的周期性的疼痛。
第二、便秘。因為肛門疼痛，不願排便，久而久之出現便秘。
第三、便血。往往因為肛裂時候，肛門裂傷的地方出血。
肛瘺是肛管和肛周皮膚之間有壹個相通的感染性管道。
肛瘺的癥狀往往是肛周皮膚外口反復出現分泌物。分泌物呈血性或者膿性，汙染內褲。分泌物可以刺激肛周皮膚出現瘙癢。在外口可以暫時封閉，膿液積存，局部可以出現紅腫並有脹痛。在封閉的分泌物足夠多時，可以再次穿破壞口，或者在附近形成新的外口。如果如此反復發作時，可以形成肛瘺的多個外口，外口之間相互溝通。這是肛瘺的常見癥狀。從這些癥狀來看肛裂和肛瘺從臨床上比較容易鑒別。