目前，花果山機場直飛的國內城市有30個，以壹二線城市為立足點，充分發揮“壹帶壹路”空中戰略支點的重要作用，致力於加快構建“東西雙向”開放的航空格局，航線網絡延伸至全國各地的主要城市。
北京 每日 連雲港-北京大興 KN5906 17:30 19:15 北京大興-連雲港 KN5906 14:50 16:30 73u中聯航空
上海? 246連雲港-上海浦東FM941618:4519:55 上海浦東-連雲港上海航空
上海? 1357 連雲港-上海浦東FM941509:5011:05上海浦東-連雲港上海航空
廣州每日連雲港-廣州cz323407:0509:30廣州-連雲港CZ323322:0512:5512:55南方航空
深圳每日連雲港-深圳DZ624217:2520:00深圳-連雲港DZ624106:2509:00B738東海航空
廈門每日連雲港-廈門MF805117:5520:20廈門-連雲港MF805206:4509:20B738廈門航空
花果山機場具體通航城市有：
北京、上海、廣州、深圳、成都、武漢、沈陽、大連、南昌、重慶、長沙、長春、廈門、哈爾濱、溫州、福州、呼和浩特、西安、銀川、西寧、蘭州、烏魯木齊、貴陽、海口、石家莊、昆明、舟山、寧波、南寧、珠海等。
其中廣州、深圳、成都、沈陽、大連、南昌、南寧、長沙、長春、廈門、哈爾濱、福州、溫州、昆明、寧波、呼和浩特、海口、西安、石家莊等城市均實現每日1班甚至2班。