應根據引起少精子癥的不同原因選擇不同的治療方法。
（1）對內分泌功能異常引起的少精子癥的治療。部分患者服枸櫞酸氯米芬可提高精子數，每日25mg，每月服25 日，停5 日，6 ～ 12個月為壹個療程。有報道指出，長期服用可降低正常形態精子的百分率，故目前推薦用低劑量療法，即隔日25mg。也有采用人絨毛膜促性腺激素（HCG）1000 U，每周肌內註射2 次，8 ～ 10 周為壹個療程；同時可每日口服維生素E 100 ～ 200mg，連服3 ～ 4 個月。也有試用丙酸睪酮50mg，每周肌內註射3 次，***3 個月，用藥時精子數減少或消失，停藥後出現反跳現象，但據報道療效不佳。近來報道用酮替芬1mg，每日2 次，連用3 個月，精子密度和活動率得到顯著改善。己酮可可堿加入到精液中或口服後可使特發性少精子癥活力不足的精子增加活力。
（2）精索靜脈曲張是引起少精子癥最常見的原因，約占39%，可作精索靜脈結紮術，術後1 年精子密度升高者達50% ～ 80%，使妻子妊娠者達30% ～ 50%。
（3）急慢性睪丸炎、附睪炎、前列腺炎、精囊炎等生殖道炎癥也是引起少精子癥的常見原因。治療可用羧芐青黴素每日4g，分4次服用，連續使用1 個月。復方磺胺甲口惡唑可穿入前列腺液，療效也較好，每日2 次，每次2 片，連服3 個月。
（4）補充微量元素。鋅對少精和死精癥有壹定療效，服藥後精子數量明顯增加。由於鋅和銅的拮抗作用，補鋅同時治療高銅。治療方法是每次口服葡萄糖酸鋅50 ～ 100mg，每日2 次，3 個月為壹個療程采用硫酸鋅治療的。
（5）補充精氨酸。精氨酸是生成精子的必要成分，少精子癥患者的精液中，氨基酸含量明顯低於正常男性。補充精氨酸，每日口服4g，連續10 周，可以使精子計數提高。
（6）中藥可試用五子地黃湯。枸杞子9g，菟絲子、覆盆子、車前子（包）各12g，五味子4.5g，澤瀉、當歸、茯苓各12g，甘草4.5g，淮山藥、丹皮、白芍、生地、黨參各12g。水煎服，每日壹劑，100劑為壹個療程。經治療，精液異常者可恢復生育率56.2%。