能抑制病原微生物生長繁殖，提高機體抵抗力，用於治療感染性疾病的中草藥，都屬抗菌中草藥。
抗菌中草藥多含生物堿、黃酮類以及香豆精等有效成分，能抑制和殺滅多種病原微生物。常用的有以下數種：
（1）黃連和黃柏：主要成分為小檗堿（黃連素），具有廣譜抗菌作用，對多種革蘭氏陰性菌及陽性菌如痢疾桿菌、肺炎雙球菌、金黃色葡萄球菌、鏈球菌等具有抑制作用。常用於腸炎、肺炎、血尿、瘡瘍腫毒等病癥。
（2）黃芩：性苦寒，功能為清濕熱、瀉實火，並能止血安胎。黃芩對大腸桿菌、變形桿菌、綠膿桿菌雛雞白痢桿菌和牛、羊、豬三型布魯氏菌等革蘭氏陰性菌及金黃色葡萄球菌、肺炎球菌等革蘭氏陽性菌有抑制作用，特別是對葡萄球菌和綠膿桿菌的抑制作用較強。常用於治療腸炎、布魯氏菌病、肺炎、流感及炎腫等，亦可用於預防雛雞白痢。
（3）金銀花：性甘、寒，功能為清熱解毒。主治溫病發熱、癰腫瘡毒、熱毒下痢、咽喉腫痛等。其抗菌作用系含有異綠原酸及忍冬苷等抗菌成分，對金黃色葡萄球菌的抗菌作用最強，對綠膿桿菌、大腸桿菌等次之。用於流感、腸炎、熱性傳染病及創傷感染的治療。
（4）板藍根及大青葉：性苦寒，功能為清熱、解毒、涼血。對枯草桿菌、金黃色葡萄球菌、八聯球菌、大腸桿菌、腸炎桿菌、溶血鏈球菌均能抑制，對流感病毒也有壹定作用。常用於細菌性感染、肺炎、腸炎、血痢、豬肺疫等。
（5）連翹：為木樨科植物連翹的幹燥果實，性苦、微寒，具有清熱、解毒、散結、消腫功能。對金黃色葡萄球菌具有較強的抑制作用，對肺炎雙球菌、大腸桿菌、溶血鏈球菌等也具有抑制作用，對流感、肺炎、腸炎等癥有壹定治療作用。
（6）穿心蓮：對肺炎球菌、金黃色葡萄球菌、大腸桿菌、變形桿菌、綠膿桿菌、鉤端螺旋體等均有抑殺作用，還可增強動物機體的免疫功能，具有解熱抗炎作用。該品全草經提煉制成註射液已廣泛應用於臨床。
（7）魚腥草：含有癸酰乙醛而具有廣譜抗菌作用。對金黃色葡萄球菌、肺炎雙球菌、溶血性鏈球菌等革蘭氏陽性菌及流感桿菌等革蘭氏陰性菌均有較強的抑制作用。用於肺炎、支氣管炎、尿路感染、仔豬白痢及外傷感染等疾患。
另外，大蒜、蒲公英、地丁、馬齒莧等中草藥也都有壹定的抗菌作用，被廣泛應用於畜禽疾病的預防和治療。